FBE- Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Lisansüstü Programı - Yüksek Lisans

Bu koleksiyon için kalıcı URI

http://hdl.handle.net/11527/181

Gözat

Çıkarma tarihi ile FBE- Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Lisansüstü Programı - Yüksek Lisans'a göz atma

Dizinde bir noktaya atla:
  • Öge
    İnsan Dental Folikülündeki Pluripotent Kök Hücrelerin Araştırılması
    (Fen Bilimleri Enstitüsü, 2008-07-07) Yalvaç, Mehmet Emir ; Kök, Fatma Neşe ; Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji ; Molecular Biology and Genetics
    Son zamanlarda embriyonik kök hücrelere alternatif kök hücre kaynaklarının aranmasına büyük önem verilmektedir. Özellikle kolay elde edilebilir, az cerrahi stres oluşturan, kullanımı etik açıdan uygun ve kişinin hiçbir immünolojik sorun yaşamasına neden olmayan kök hücreler en ideal kök hücreler olarak kabul edilmektedir. Pluripotent kök hücreler vücuttaki tüm hücrelere farklılaşabilmektedirler. Yetişkin insanlardan tedavi amacıyla kök hücre izolasyonunda en çok kemik iliği kullanılmaktadır. Kemik iliği oldukça değerli bir kaynak olmasına karşın, dokudan izolasyonu sırasında cerrahi bir stres ve kontaminasyon riski her zaman vardır. Son zamanlarda yapılan çalışmalar yirmi yaş dişleri olarak da bilinen üçüncü molar dişlerin foliküllerinin çok değerli kök hücreler içerdiğini göstermiştir. Bu diş foliküllerinden elde edilen kök hücrelerin karekterizasyonu ve biyokimyasal olarak diğer hücrelere dönüşme mekanizmaları hala araştırılmaktadır. Bu çalışmada 17 yaşında bir hastadan bazı ortodontik sebepler ile alınan 20 yaş diş folikülünden kök hücre izolasyonu yapılmıştır. Elde edilen hücrelerin pluripotent olup olmadıklarını analiz etmek için hem bu hücrelerde bazı pluripotent kök hücre markerlarının varlığı araştırılmış hemde elde edilen hücrelerin kemik ve sinir hücrelerine farklılaşması gösterilmiştir. Diş folikülü kök hücrelerinin retinoik asit içeren bir yöntemle sinir hücrelerine farklılaşabileceğini gösteren yeni bir model ilk defa bu çalışmada ortaya konulmuştur.
  • Öge
    Biyo-nanoteknoloji İçin Çift İşlevli Bir Peptidin Genetik Mühendisliği Yöntemleri İle Oluşturulması Ve Üretilmesi
    (Fen Bilimleri Enstitüsü, 2008-07-09) Sert, Abdullah ; Tamerler, Candan ; Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji ; Molecular Biology and Genetics
    İşlevsel inorganik malzemelerin kontrollü olarak oluşmalarını ve düzenlenmelerini sağlamak için, inorganik yapılara bağlanabilen peptidlerin biyo-bağlayıcı ve moleküler yapı taşları olarak kullanılma potansiyelleri vardır. Genetik mühendisliği kullanılarak değiştirilmiş ve geliştirilmiş bu yapıların tasarlanması biyoteknoloji ve biyo-nanoteknoloji uygulamaları için oldukça önemlidir. Tümleşik biyolojiye dayalı moleküler kütüphaneler aracılığıyla seçilen inorganik yüzeylere bağlanabilen peptidler genellikle 7-14 amino asit uzunluğundaki kısa peptidlerdir. Bağlanma ilgisini artırmak için peptid dizilerinin ardışık tekrarları genetik mühendisliği yöntemleri ile oluşturulabilir. Kısa peptidlerin tekrarlı yapıları daha iyi bir ilgi göstererek kontrol edilebilir oluşum işlemini sağlayabilirler. Bu çalışmada, çift işlevli peptidin oluşturulması için hem quartza bağlanan peptidin hem de altına bağlanan peptidin üçlü ardışık tekrarı kullanılmıştır. İki peptid dizisi birbirine 10 amino asitten oluşan esnek bir bağlayıcı bölge ile bağlanmıştır. Peptidin üretimi için, E. coli’ye dayalı bir ekspresyon sistemi olan TAGZyme pQE-2 vektör sistemi kullanılmıştır. Vektör oluşturulmuş ve çift işlevli peptid Luria Bertani besiyerinde eksprese edilmiştir. Üretilen proteinler İmmobilize Metal Afinite Kromatografi yöntemi ile saflaştırılmıştır ve SDS-PAGE ile analiz edilmiştir.
  • Öge
    Afinite Uygulamalarını Test Etmeye Yönelik Değişken Çok İşlevli Moleküler Vektör Tasarımı
    (Fen Bilimleri Enstitüsü, 2008-07-09) Kahraman, Hasan ; Tamerler, Candan ; Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji ; Molecular Biology and Genetics
    Biyomoleküller peptid-protein etkileşimleri ile doğru fonksiyonel yapılar kullanı-larak her türlü materyal yüzeyine yüksek afinite ile bağlanabilir. Bizim çalışma grubumuzda işlevsel malzemeler için inorganiklere bağlanan çok farklı peptidler seçilip karakterize edilmiştir. Bu peptidler birçok biyo- ve nano-teknolojik uygulamalar için moleküler bağlayıcı olarak kullanılabilir. Ancak bu peptidlerin uygulanabilirliği yüksek afinite gösteren diğer var olan amino asit dizisinden oluşan işaret (“tag”) sistemleri ile karşılaştırılmalıdır. Burada bizim amacımız tasarladığımız vektör sistemi ile Histidin işaretli GFPuv proteinini aralarında bir bağlayıcı ile birlikte gen ifadesini sağlamaktır. Aynı vektör sistemi quartz bağlayıcı peptid (QBP) işaretli GFPuv protein için de uygulanmıştır. Yaygın olarak kullanılan bir yöntem olan histidin işaretleme ile protein izolasyon yöntemi parallel bir çalışma ile QBP işaretli protein izolasyon yöntemi ile karşılaştırılıyor. Buradaki genel amaç uygun enzim kesim bölgelerini de içeren değişken bir vektör sistemi oluşturarak hem Histidin işaretleyici kısmı hem de biyoişlevsel protein kısmını değiştirmeye uygun başka inorganic bağlayıcı peptid işaretleyicileri ve fonksiyonel proteinler için de uygulanabilir bir yöntem geliştirmektir.
  • Öge
    Biyofilmde 16s Rdna Yöntemi Kullanılarak Mikroorganizma Tayini
    (Fen Bilimleri Enstitüsü, 2008-07-09) Yelboğa, Emrah ; Karagüler, Nevin Gül ; Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji ; Molecular Biology and Genetics
    Bu çalışmanın amacı çamaşır makinesinde 16s rRNA genini hedef alarak Polimeraz Zincirleme Reaksiyonu (PZR) yöntemi klonlama ve sekanslama ile bakteriyel çeşitliliği araştırmaktır. PZR ve 16s rDNA klonlama yöntemi çevresel numunelerden mikroorganizmaların tanımlanmasını kolaylaştırmıştır. Bu çalışmada çamaşır makinesinin 6 farklı bölgesinden alınan numuneler üzerinden mikrobik birim tanımlanmıştır ve genomik DNA izolasyonu kültür yöntemi kullanılmadan gerçekleştirilmiştir. Her örnek nemlilik, havalandırma, sürtünme faktörleriyle diğerlerinden farklı çevresel koşullara sahiptir. Çalışmada kullanılan metod 16s rRNA geninin bir parçasının PZR yöntemi ile amplifikasyonuna ve klonlama vektörüne aktarılmasına dayanmaktadır. Çalışma neticesinde her örneğin diğerleri ile benzer noktalara sahip olmaları ile birlikte farklı mikrobik yoğunluğa sahip olduğu anlaşılmıştır.
  • Öge
    Lakkaz Katalizli Oksidasyon Vasıtasıyla Yeni Tekstil Boyalarının Üretimi İçin Yeni Bir Metot
    (Fen Bilimleri Enstitüsü, 2008-07-11) Kahraman, Mustafa ; Tamerler, Candan ; Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji ; Molecular Biology and Genetics
    Oksidatif enzimlerin sentetik kimyada kullanımı hem akademik hem de endüstri çevresinde ilgi toplamaktadır. Özellikle, lakkaz’ın (EC 1.10.3.2, p-difenol:dioksijen oksidoredüktaz) bir çok substratı oksitleyebilme özelliği (moleküler oksijen varlığında) yeni veya mevcut kimyasalların sentezlenmesi açısından dikkate değerdir. Lakkaz katalizli oksidatif biyokatalizlerle yeni tekstil boyalarının üretimi, biyokataliz teknolojisi açısında tamamıyla yeni bir yaklaşımdır. Lakkaz vasıtasıyla substitüe fenolik maddelerin kenetlenmesini hedefleyen lakkaz katalizli reaksiyon tasarımı ve metot geliştirilmesi çalışmamızın temelini oluşturmaktadır. Bu amaç için, tekstil boyaları üretiminde yaygın bir şekilde kullanılan 15 fenolik substitüe prekürsör seçilmiştir. Çalışmamızda, seçilen fenolik prekürsörlerin elisa mikro-kuyucuklarında lakkaz için uygun koşullarda lakkaz oksidasyonu vasıtasıyla oksitlenmeleri sağlanarak bunun sonucunda oluşan fenolik serbest radikallerin birbiriyle veya kendi aralarında eşleşmesi sayesinde renkli maddelerin oluşturulmaları sağlandı. Elisa mikro-kuyucuklarda gerçekleştirilen reaksiyon sonunda, toksik olmayan ve endüstriyel kabul testlerini geçen birkaç boya elde edilmiştir. Bu tez kapsamında, mikro-kuyucuk reaksiyonlarından bir tanesini, onun boyası olan ITU22 isimli boyanın elde edilişini ve analitik çalışmaları anlatmaktadır.
  • Öge
    Katanin P60 Proteini İle Etkileşen Proteinlerin Belirlenmesi
    (Fen Bilimleri Enstitüsü, 2008-07-16) Esen, Duygu ; Karabay Korkmaz, Arzu ; Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji ; Molecular Biology and Genetics
    Katanin mikrotubul kesme özelliği ile hücre iskeleti dinamiğinde önemli görevlere sahiptir. Uzun mikrotubuller hareketsiz iken katanin tarafından kesilip küçük parçalara ayrılan mikrotubuller hareketlilik kazanırlar ve böylelikle hücre iskeleti organizasyonlarına katılabilirler. Bu kısa ve hareketli mikrotubuller, yeni nörit oluşumunda kullanılmaları bakımından özellikle nöronlar için son derece önemlidirler. Katanin, p60 katalitik ve p80 düzenleyici olmak üzere iki alt birime sahiptir. p60, p80 tarafından yönlendirildiği sentrozomlarda altılı bir yapı oluşturup, ATP hidroliziyle mikrotubulu keser. Ancak katanin p60 alt biriminin p80 alt biriminden farklı bir protein ile etkileşimi henüz gösterilmemiştir. Bu nedenle çalışmanın amacı katanin p60 ile etkileşime giren proteinlerin aydınlatılması olarak belirlenmiştir. Yeni protein etkileşimlerinin aydınlatılması için cDNA havuz çalışmalarda kullanılabilecek en iyi yöntem olan maya ikili hibrid sistemi kullanılmıştır. Etkileşime girecek olan proteinler insan embriyonik beyin cDNA kütüphanesinden seçilmiştir. Katanin p60 geni işaretçi gen transkripsiyon faktörünün DNA dizisine bağlandığı alt birimle birleştirilmiştir. P60’ın etkileşebileceği olası genleri içeren kütüphane de transkripsiyon faktörünün aktivasyon alt birimiyle birleştirilmiştir. Her bir plazmid farklı çiftleşme tipine sahip mayalara (S. cerevisiae) yerleştirildikten sonra bu suşların çiftleşmesi sağlanmıştır. Oluşan diploit mayalar, işaretçi genin aktivasyonu ile seçilmiştir. Mayaların çiftleşmesi sonucunda p60 ile etkileşen 22 proteinin etkileşimi doğrulanmıştır. Katanin mikrotubul kesme özelliği ile mikrotubul dinamiği ve hücre iskeleti oluşumunda önemlidir. Bu sebeple katanin p60 ile etkileşime giren proteinlerin aydınlatılması, kataninin bu proteinlerle etkileşmesi sonucu sinir hücresi içindeki olası diğer rollerinin ortaya çıkartılması açısından sinir bilimi literatürü için çok önemlidir.
  • Öge
    İstanbul Da Yaşayan Ermeni Ve Türk Toplumlarındaki Yaygın Mefv Mutasyonları Ve Hla-b*51 Gen Frekansları
    (Fen Bilimleri Enstitüsü, 2008-07-18) Çelikyapı, Gökçe ; Turanlı, Eda Tahir ; Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji ; Molecular Biology and Genetics
    Ailevi Akdeniz Ateşi ve Behçet Hastalığı, Ortadoğu ve Akdeniz toplumlarında, dünyanın diğer bölgelerine kıyasla daha sık görülen otoenflamatuvar hastalıklardır. Türkiye’de yapılan çalışmalarda Ailevi Akdeniz Ateşi sıklığının 1000’de 1 ila 2.5 arasında değiştiği, Behçet hastalığının sıklığının ise 1000’de 4 olduğu gözlenmiştir. Yakın zamanda İstanbul’da Ermeni kökenli Türkiye Cumhuriyeti vatandaşlarında yapılan bir çalışmada, bu toplumda Ailevi Akdeniz Ateşinin Türklere oranla daha sık (% 0.7), Behçet Hastalığının ise daha nadir olduğu (<1/ 500) bulunmuştur. Bu bulgular, her iki hastalığın etiyolojisinde de genetik faktörlerin önemli rolü olduğunu düşündürmektedir. Ailevi Akdeniz Ateşi hastalığına Mediterranean Fever (MEFV) genindeki mutasyonların yol açtığı bilinmektedir. Şu ana kadar tanımlanan mutasyonların sayısı 70’den fazladır; ancak bunlardan yalnızca 4 mutasyon (M694V, M694I, M680I, V726A) ve bir polimorfizm (E148Q) daha sık görülmektedir. Yapılan çalışmalarda, bu mutasyonların hasta kişilerde % 85, sağlıklı kişilerde ise % 10-20 oranında olduğu bildirilmektedir. Öte yandan Behçet hastalığı ile HLA-B*51 geni arasında olası bir ilişki varolduğu da çeşitli çalışmalarda belirtilmiştir. HLA-B*51 taşıyıcılığı, Behçet hastalığı olan bireylerde % 50-80, sağlıklı kişilerde ise % 20-30 oranında bildirilmektedir. Behçet hastalığının sıklığı toplumdaki HLA-B*51 taşıyıcılığına paralel seyretmektedir. Örneğin, HLA-B*51 sıklığının az olduğu toplumlarda Behçet hastalığı da nadirdir. Bu çalışmada, T.C. Ermeni ve Türk vatandaşlarında MEFV gen mutasyonu ve HLAB*51 gen taşıyıcılığını araştırmak ve bu iki toplumun mutasyon sıklıkları arasındaki farkları hastalık sıklıklarını göz önünde bulundurarak ortaya çıkartmak amaçlanmaktadır. Bu doğrultuda İstanbul’daki Ermeni okullarının idari bölümünde çalışan 115 Ermeni ve Cerrahpaşa Tıp Fakültesi’nde okuyan 98 Türk vatandaştan tükürük örneği toplandı. Mutasyon/polimorfizm analizleri sonucu bu iki toplumun MEFV mutasyon ve HLA-B*51 frekansları arasında belirgin bir fark gözlenmedi. Bu sonuçlar FMF ve Behçet hastalığında diğer lokasyon veya lokasyonların rol oynayabileceğine işaret etmektedir.
  • Öge
    Yaşlanma, Kalp Damar Hastalıkları Ve Aday Gen Polimorfizmleri
    (Fen Bilimleri Enstitüsü, 2008-08-14) Daşdemir, Selçuk ; Turanlı, Eda Tahir ; Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji ; Molecular Biology and Genetics
    Yaşlanma, multifaktoriyel bir olaydır ve genetik ve çevresel faktörlerden tarzından etkilenir. Zamanla sistemlerin bozulması sürecidir ve biyokimyasal ve morfolojik düzeyde birçok değişikliği içerir. Son yıllarda, bir takım genlerin sağlıklı yaşlanma ile ilişkisi açıkca belirlenmeye başlanmıştır. Payami ve arkadaşları sağlıklı ve uzun yaşamış yaşlıların akrabalarındaki bunama riskinin serbest toplumdaki ve Alzheimer hastalarının akrabalarındaki riskten daha az olduğunu göstermiştir. Yüzyıllık yaşlılarda yapılan daha yeni bir çalışma, iltihapla ilişkilendirilen MEFV inflamasyon genindeki M694V mutasyonu olmamasının daha uzun ve sağlıklı yaşamla ile ilgili olabileceğini göstermiştir. Kalp damar hastalığı (KDH) bütün dünyadaki gerek gelişmiş gerekse gelişen devletlerde en yaygın hastalık ve ölüm nedenidir. KDH’ dan korunmuş olmanın sağlıklı ve uzun yaşamaya imkan tanıdığı gözlemlenmiştir. Önceki çalışmalardan KDH ile inflamasyon arasında önemli bir ilişki olduğu bilinmektedir. Bu yüzden, kronik inflamatuvar hastalıkları olmayan bir insan KDH için daha az risk taşıyor olabilirler. Biz bu projemizde; APOE, LDLR, SIRT3 ve APOJ/Clusterin genlerindeki polimorfizmlerin sağlıklı yaşlanma ile ilişkisini kalp hastalığı da dahil olmak üzere herhangi bir kronik inflamatuvar hastalığı olmayan yaşlı bir grupta araştırdık (N=170). Bu genlerin özelliği önceki çalışmalarda kalp damar hastalıklarıyla ve sağlıklı yaşlanmayla ilişkilendirilmiş olmalarıdır.
  • Öge
    Sry İlişkili Transkripsyon Faktörü Sox11’in Erişkin Nörojenezdeki Rolünün Hücre Kültüründe Araştırılması
    (Fen Bilimleri Enstitüsü, 2008-09-23) Güvenlioğlu, Merve ; Karabay Korkmaz, Arzu ; Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji ; Molecular Biology and Genetics
    Yetişkin memeli beyninde yeni sinir hücreleri sadece subventrikuler alanin ventrikul yatay duvarında ve hipokampusün subgranuler kısmında oluşturulmaktadır. Bu iki kısımda da gerçekleşen nörojenez; sessiz kök hücrelerinin aktifleştirilmesi, kök hücre ve projenitör hücrelerin proliferasyonu, nöronal kaderin seçilmesi ve yeni gelişmiş sinir hücrelerinin entegrasyonu adımlarından oluşmaktadir. Yetişkinlerdeki nörojenezin tüm bu adımları içsel ve dışsal yol izleriyle kontrol edilmektedir. Farklı ailelerden transkripsyon faktörleri projenitör hücrelerin kader seçiminde ve farklı hücre soylarına differansiye olmalarında birlikte etkili olmaktadır. Bu çalışmada Sry ilişkili transkripsyon faktörü Sox11’in yetişkin nörojenezindeki rolünün anlaşılması amaçlanmıştir. Öncelikle Sox11 proteininin yetişkin nörojenik alanlardaki ekspresyonu araştırıldı. Sox11’in rostral göç yolundaki ve hipokampusteki olgunlaşmamış nöronal prekursor hücrelerde ekspresyonu belirlendi. Buna gore, Sox11’in yetişkin nörojenik alanlardaki olgunlaşmamış nöronal sinir hücrelerinin regülasyonunda rol aldığı sonucuna varılabilir. Daha sonra Sox11’in gen ifadesi, hücre kültüründeki yetişkin hipokampus hücrelerinde iki ayrı system ile arttırıldı. Sox11’i fazlaca eksprese eden yetişkin hücrelerdeki, olgunlaşmamış nöronal markırlardan doublekortin ve beta III tubulin ekspresyonu incelendi ve bu hücrelerde doublekortin ve beta III tubulin ekspresyonunun arttığı gözlendi. Bu çalışma, Sox11 gen ifadesinin arttırılması ile yetişkin hipokampus hücrelerinin nöronal farklılaşmasını arttırdığını göstermiştir. Son olarak, Sox11’in gen ifadesinin susturulması için Sox11’e spesifik RNA interferanz dizileri geliştirildi ve bunlardan iki tanesinin hücrede fonksyonel olarak Sox11’i susturduğu gösterildi.
  • Öge
    Mefv Geninin İn Vivo Metilasyon Çalışmaları
    (Fen Bilimleri Enstitüsü, 2008-11-19) Karaca, Esra ; Turanlı, Eda Tahir ; Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji ; Molecular Biology and Genetics
    MEFV geni ilk olarak serozal iltihaplanma ve karın ağrısı ile ilerleyen Ailevi Akdeniz Ateşi (AAA) hastalığıyla ilişkili gen olarak karakterize edilmiştir. En sık gözlenen MEFV mutasyonları E148Q, M680I, M694V, M694I ve V726A olup hastalıkla ilgili kromozomların %70’ini oluştururlar. Bu mutasyonlar arasında yalnız E148Q mutasyonunun hastalığın daha hafif geçmesini sağlayıcı rolü olduğu bilinmektedir. E148Q mutasyonu MEFV geninin ikinci ekzonunda bulunmakta olup 442. pozisyondaki guanine nükleotidini sitozine çevirmektedir. Diğer MEFV mutasyonları MEFV gen ifadesini azaltırken sadece E148Q mutasyonunun MEFV gen ifadesini artırdığı bildirilmiştir. E148Q’ya bağlı gen ifadesi artışının FMF hastalığının daha hafif geçmesiyle ilişkili olduğu düşünülmüştür. MEFV geninin biyoinformatik analizi genin ikinci ekzonunu içine alan bir CpG adacığı vermektedir. Bununla birlikte bu CpG adacığının içinde yer alan E148Q mutasyonu bir CpG dinükleotidini bozmaktadır. Bu çalışma MEFV geninin ikinci ekzonunun metilasyon paterni ile E148Q mutasyonu arasındaki ilişkiye odaklanmıştır. DNA metilasyon paterninin aydınlatılması için kullanılan teknikler metilasyona özel polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ve bisülfat dizilemesi yöntemleridir. Bu çalışmada sonuç olarak MEFV geninin ikinci ekzonunun metilasyon paterni belirlenmiştir. Bu metilasyon paterni E148Q heterozigotları ile yabanıl genotipe sahip gruplar arasında ve FMF örnekleri ile sağlıklı kontroller arasında karşılaştırılmıştır. E148Q mutasyonunun denk geldiği CpG dinükleotidinde yabanıl genotipe kıyasla E148Q heterozigotlarında belirgin bir düşüş gözlenmiştir fakat FMF örnekleri ile sağlıklı kontroller arasında belirgin bir fark bulunamamıştır.
  • Öge
    Saccharomyces Cerevısıae Model Mayasında Peptit–metal Etkileşiminin Moleküler Modellemesi
    (Fen Bilimleri Enstitüsü, 2009-02-18) Terzioğlu, Ergi ; Çakar, Zeynep Petek ; Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji ; Molecular Biology and Genetics
    Bu çalışmada, bakır tutan proteinlerde, bakırı bağlayan MXCXXC ortak motifinin, X yerine 4 farklı amino asit (A, G, T ve V) kullanılması durumunda bakır bağlama verimliliği, hesapsal yöntemler yardımıyla incelenmiştir. Enerji hesaplamaları için HyperChem yazılımı ve CHARMM22 kuvvet alanı (force field) kullanılmıştır. Hesaplamalar önce nötr hale getirilmiş peptitler için yapılmış, daha sonra her bir olası peptitin terminallerine metil grupları bağlanarak tüm hesaplamalar tekrarlanmıştır. Elde edilen enerjiler, en kararlı peptit-bakır kompleksine ve stabilizasyon enerji değerlerine göre değerlendirilmiştir. En iyi motif olarak MTCGTC öne çıkarken, birinci ve üçüncü pozisyondaki X için Treonin’in kullanılması verimliliği arttırmaktadır. İkinci pozisyondaki X yerine herhangi bir amino asit kullanılması verimliliği dikkate değer ölçüde etkilememiştir. Birinci pozisyondaki X için Treonin amino asidinin iyi sonuç vermesi, literatürdeki bazı yayınlarda bu pozisyonda Treoninin zaten sabit kabul edilmesiyle uyumluluk göstermiştir.
  • Öge
    Global Kontrol Elemanlarının B. Subtilis’ Te Yeni Bir Gntr Tipi Düzenleyici Gen Olan Yvfı’ Nın Gen İfadesi Üzerindeki Etkileri
    (Fen Bilimleri Enstitüsü, 2009-02-18) Özkurt, Emine Canan Ünlü ; Yazgan Karataş, Ayten ; Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji ; Molecular Biology and Genetics
    Bu çalışmada, belirli bazı Bacillus subtilis suşları tarafından sentezlenen hücre dışı bir dipeptid antibiyotik olan basilisinin biyosentezi için gerekli olduğu belirlenen ve yvfI olarak adlandırılan yeni bir genin regülasyon mekanizması aydınlatılmaya çalışılmıştır. Antibiyotik biyosentez mekanizması ile ilgili olduğu daha önce belirlenmiş olan oppA, comP, comA, phrC, phrK, phrF, comQ (comX), srfA, codY, degU, sigB, spo0A, spo0H ve abrB regülatör genlerin yvfI tarafından kodlanan transkripsiyonel faktör üzerindeki etkilerini analiz etmek için yvfI lokusunda transkripsiyonel PyvfI-lacZ füzyonu içeren ve TEK7 olarak adlandırılan bir B. subtilis suşu oluşturulmuştur. Ardından regulatör genler bu mutant TEK7 suşunda teker teker ya da birlikte bloke edilmiştir. yvfI geninin ekspresyonunu belirlemek için β-galaktozidaz deneyi kullanılmıştır. Elde edilen sonuçlar ile tüm bu regulatör genlerin ürünlerinin yvfI’ nın ifadesini pozitif ya da negatif şekilde etkilediği ortaya konmuştur.
  • Öge
    Moleküler Biyoloji Tekniklerinin Çamaşır Makinesinde Mikrobiyolojik Analizler İçin Uygulanması
    (Fen Bilimleri Enstitüsü, 2009-02-18) Yakartaş, Burcu ; Tüter, Melek ; Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji ; Molecular Biology and Genetics
    Doğal enerji kaynaklarının son yıllarda kritik önem kazanmasıyla düşük enerji tüketimli ürünler ön plana çıkmıştır. Beyaz eşya üreticileri bu doğrultuda düşük sıcaklıkta az miktarda su tüketen ürünlere yoğunlaşmışlardır. Ancak düşük sıcaklıklarda yıkama sonucunda makine hijyeninde olumsuz gelişmeler gözlenmiştir. Bu çalışmada, çamaşır makinelerinde düşük sıcaklıklarda yapılan yıkama sonucunda ortaya çıkan, koku-görüntü kirliliği gibi problem yaratan ve hijyen koşullarını olumsuz yönde etkileyen biyofilm tabakaları incelenmiştir. Biyofilm oluşumunun ökaryotik kaynaklarının belirlenmesi için 18s ribozomal RNA gen dizilimlerini hedefleyen polimeraz zincir reaksiyonu gerçekleştirilmiş ve çoğaltılmış bu gen bölgeleri klonlama ve transformasyon ile TOPO TA vektörüne aktarılmıştır. Bu aşamadan sonra sekans analizi gerçekleştirilerek gen dizilimlerinin hangi mikroorganizmalara ait olduğu tespit edilmiştir. Çalışmanın sonunda tanımlanan ökaryotik mikroorganizmaların %50’sinin fungi, %38’sinin protozoa ve %12’sinin metazoa türleri olduğu görülmüştür.
  • Öge
    Ph Ve Sıcaklığa Duyarlı Nanokürelerin Kıkırdak Doku Mühendisliğinde Kullanımı
    (Fen Bilimleri Enstitüsü, 2009-02-25) Ertan, Ayşe Burcu ; Kök, Fatma Neşe ; Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji ; Molecular Biology and Genetics
    Bilim ve teknolojideki gelişmeler insanların yaşam süresini uzatmaktadır. Uzun yaşam beraberinde dejeneratif hastalıklar ve yıpranan organlarla ilgili sorunları getirmektedir. Doku mühendisliği hasar görmüş ya da fonksiyonlarını yitirmiş organların tedavisi amacıyla hücre taşıyan biyobozunur malzemelerin tasarımlarını ve uygulanmalarını hedeflemektedir. Kıkırdak doku mühendisliğinde kullanılabilecek hücre kaynakları temelde kondrositler ve mezenşimal kök hücreleridir. Uygun büyüme faktörleri kullanıldığında, mezenşimal kök hücreleri kemik, kıkırdak, yağ ve kas gibi değişik dokulara dönüşebilmektedir. Bu çalışmada mezenşimal kök hücrelerin kıkırdak hücrelerinin kondrositlere dönüşmesi ve kıkırdak rejenerasyonunu başlatması sağlanmaya çalışılmıştır. Bu aşamada büyüme faktörlerinin tipi büyük önem taşımaktadır. Eklem kıkırdağının hasarlanması ve onarılması sırasında Insülin Benzeri Büyüme Faktörü - I (IGF-I), ve Transforming Büyüme Faktörü Beta1 (TGF-1) gibi bir çok büyüme faktörü salınmaktadır. Kıkırdak hücreleri üzerine TGF-1 eklenmesi kondrosit çoğalmasını teşvik etmekte, IGF-I ise 3 boyutlu in vitro kültürlerde kondrosit fenotipini artırmaktadır. Bu çalışmada bu iki büyüme faktörü ve hücreler ayrı ayrı PLGA temelli akıllı (responsif) hücre taşıyıcılar içine yüklenmiş ve pH ile sıcaklığa bağlı olarak birbirini izleyen zamanlarda salımları sağlanarak hücrelerin çoğalması ve farklılaşması sağlanmıştır. Yapılan deneyler sonunda IP ve IPTN ile birlikte bulunan hücrelerin, iskelet yapılar üzerinde kıkırdak farklılaşması açısından en iyi sonuçları verdiği gözlemlenmiştir. Böylece, büyüme faktörü yüklü nanokürelerin kıkırdak doku mühendisliğinde ciddi katkıları olabileceği görülebilmektedir.
  • Öge
    Pı3k/ Akt Sinyal İleti Yolağının Pediatrik Akut Myeloid Lösemideki Regülasyonu: Yeni Bir Tümör Baskılayıcı Gen Phlpp
    (Fen Bilimleri Enstitüsü, 2009-02-26) Tekiner, Tuğçe Ayça ; Karabay Korkmaz, Arzu ; Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji ; Molecular Biology and Genetics
    Upregüle edilmiş fosfoinositid-3-kinaz (PI3K)/Akt yolağının, Akut Myeloid Lösemi (AML) patogenezinde ve hastalığın ilerlemesinde rol oynadığı bilinmektedir. Akt sinyal ileti yolunun terminasyonu PTEN ve PHLPP proteinleri ile kontrol edilir. PHLPP; amino-terminal PH bölgesi, lösin yönünden zengin tekrar bölgesi (LRR), PP2C-benzeri katalitik merkez ve PDZ bağlanma bölgesi olmak üzere dört temel fonksiyonel bölge içerir. Fonksiyonel PHLPP gen bölgelerine ait varyasyon ve PI3K/Akt sinyal ileti yolağı genlerinden; Akt-1, PTEN ve kaspaz-3 genleri ile beraber ekspresyon analizi yapılmıştır. Dört temel bölgeyi kodlayan 11 ekzonun pediyatrik AML hastasındaki mutasyon taraması DHPLC analizi ve direkt dizileme yöntemi ile gerçekleştirilmiş, çeşitli varyasyonlar bulunmuştur. Ekspresyon çalışmaları pediyatrik AML hastalarında ve sağlıklı bireylere ait CD33+ kemik iliği hücrelerinde qRT-PCR yöntemi ile gerçekleştirilmiştir. Hasta grubunda Akt sinyal ileti yolağının upregüle olduğu, PTEN, PHLPP ve kaspaz-3’ün ekspresyonlarının ise azaldığı (sırasıyla 3 kat, 10 kat ve 3 kat) görülmüştür. PH, PP2C-benzeri katalitik merkez ve PDZ bağlanma bölgelerinin ekspresyonlarının görülmesine rağmen LRR bölgesinin ekspresyonu hastalarda gözlemlenmemiştir. LRR bölgesi ekspresyonunun görülmediği hasta örneklerinde üç farklı transkript varyantı tespit edilmiştir. PHLPP bölgelerinin ekspresyonuna farklı tümör dokularında bakılması sonucu, LRR bölgesi ve PP2C-benzeri katalitik merkez ekspresyonlarının olmadığı görülmüştür. Pediatrik AML hasta örnekleriyle gerçekleştirilmiş ekspresyon çalışmalarının sonuçlarından farklı olarak, PHLPP’nin PP2C-benzeri katalitik bölgesinin ekspresyonunun tümör dokularında olmadığı bulunmuştur. Western blot analizi sonuçları da eksiksiz PHLPP ekspresyonunun her iki çalışma grubunda da olmadığını göstererek gen ekspresyon çalışma sonuçlarını konfirme etmiştir. Bu çalışma, PHLPP geninin sekans varyasyonlarının ve beraberinde ekspresyon seviyelerinin araştırıldığı ilk çalışmadır. Çalışmanın sonuçları, PHLPP geninin AML lökomogenezinde ve tümörigenezde bir tümör supressör olarak rol oynayabileceğini düşündürmektedir.
  • Öge
    Ptfe Yüzeylere Kan Uyumluluğunu Arttırmak İçin Hirudin Tutuklanması
    (Fen Bilimleri Enstitüsü, 2009-06-22) Önder, Sakip ; Kök, Fatma Neşe ; Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji ; Molecular Biology and Genetics
    Kan uyumlulugu yapay kan damarı, yapay kalpler ve kateterler gibi kan ile temas eden biyolojik malzemeler için gerekli bir özelliktir. Biyolojik malzemelerin yüzeylerinde olusan pıhtılasma bu malzemelerin kullanımlarını kısıtlayan en önemli faktörlerden birisidir.Bu çalısmanın amacı biyomalzeme olarak kullanılabilen PTFE yüzeylerin, önce hidrojen plazma ile aktif hale getirilmesi, daha sonra da sülüklerden izole edilen ve pıhtılasmayı engelleyen bir peptid olan hirudinin yüzeye tutuklanmasıdır. Bunun için öncelikle malzeme yüzeyinde plazma ve akrilamid monomerleri kullanılarak amid grupları olusturulmus, temas açısı ölçümleri ve ATR-FTIR yöntemleriyle malzeme karakterizasyonu yapılmıstır. Daha sonra amide gruplarına sahip PTFE yüzeylerine EDC/NHS yöntemi ile hirudin tutuklanmıstır. PTFE yüzeylerine tutuklanan hirudinin aktivite tayini için trombus olusumu testi (Kinetik Model) uygulanmıstır. Deneyler sonucunda, normal PTFE yüzeyleri ile karsılastırıldıgında degistirilmis yüzeylerin pıhtılasmayı ciddi sekilde azalttıgı, hatta bazı ölçümlerde pıhtılasmayı tamamen engelledigi gözlenmistir.
  • Öge
    Candıda Methylıca Format Dehidrogenaz’ın Nad+ / Nadp+ Spesifitesi İçin Kritik Bölgelerin Bölge Saturasyon Mutagenezi
    (Fen Bilimleri Enstitüsü, 2009-06-26) Par, Gülşah ; Karagüler, Nevin Gül ; Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji ; Molecular Biology and Genetics
    Bu çalışmada, Candida methylica format dehidrogenaz enziminin NADP+ koenzimine karşı aktivitesinin arttırılması amacıyla proteinlerin yeniden dizayn edilmesinde kullanılan yönlendirilmiş evrim metodlarından bölge-saturasyon mutagenez yöntemi kullanılmıştır. Koenzim bağlama bölgesinde koenzim spesifitesinden sorumlu bölgeler, Pseudomonas. sp.101 ve Candida boidinii FDH kristal yapılarına dayanarak Insight II (Accelrys) programı ile oluşturulan cmFDH homoloji modeli ile belirlenmiştir. Belirlenen D195, Y196 ve Q197 bölgelerine dejenere primerler ile bölge-saturasyon mutagenezi uygulanmış ve mutant kütüphaneleri oluşturulmuştur. Etkili mutantlar, kolorimetrik taramama metoduyla belirlenmiştir. Taranan yaklaşık 400 koloniden 27 birey NADP+ koenzimine karşı aktivite göstermiştir. Bu sonuçlar, belirlenen bölgelerin NAD(P)+ spesifitesinde önemli bölgeler olduğunu göstermiştir, ayrıca NADP+-spesifik cmFDH geliştirilmesinde umut verici olmuştur.
  • Öge
    Mısır Yağı İle Konjuge Linoleik Asit Karışımının Enzimatik Asidolizi İle Yapılandırılmış Yağ Üretimi Ve Optimizasyonu
    (Fen Bilimleri Enstitüsü, 2009-06-26) Sezer, Çiğdem ; Aksoy, H. Ayşe ; Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji ; Molecular Biology and Genetics
    Yapılandırılmış yağlar, lipid moleküllerinin yapılarının değişik amaçlar doğrultusunda, kimyasal veya enzimatik olarak değiştirilmesi ile oluşturulmuş moleküllerdir. Yapılandırılmış yağlardan günümüzde sağlık ve beslenme amaçları ile yararlanılmakta, bu amaçlar doğrultusunda lipidler, yapılarında bulunan bazı yapıtaşlarınca zenginleştirilmekte, ya da uygulanan kimyasal veya enzimatik yöntemler ile yeni özellikler kazanmaktadırlar. Bu çalışmada, besleyici özelliklerinin değiştirilmesi amaçlanan mısır yağı, konjuge linoleik asit ile zenginleştirilerek yapılandırılmış bir yağ üretilmiştir. Çoklu doymamış bir yağ asidi olan konjuge linoleik asit, sağlığa olan bilinen olumlu etkilerinden dolayı seçilmiştir. Çalışmada triaçilgliserol yapısının 1 ve 3. pozisyonlarına spesifisite gösteren bir lipaz enzimi olan Lipozyme TL IM seçilerek, enzimatik asidoliz reaksiyonları yürütülmüştür. Reaksiyon ürününe etki eden parametrelerin etkileri incelenmiş, etkili olduğu görülen parametreler, substratların mol oranı ve sıcaklık olarak belirlenmiş, bir deney tasarımı oluşturulmuş ve mısır yağına konjuge linoleik asit katılımı optimize edilmiştir. Optimizasyon için Tepki Yüzey Metodolojisi ve deneysel Statistica 6.0 programı kullanılmıştır. Mısır yağı ile konjuge linoleik asidin enzimatik asidoliz reaksiyonu sonucunda elde edilen yapılandırılmış yağın canlı metabolizması üzerindeki etkilerinin görülmesi için hayvan deneyleri yapılması önerilmektedir. Ayrıca bir başka lipaz ya da çözücü sistemi kullanılarak deney yürütülebilir. Bunlara ek olarak, elde edilen yapılandırılmış yağın büyük ölçekli üretimi için yöntemler araştırılabilir.
  • Öge
    Katanin P80 Geninin Promotor Elementlerinin Analizi
    (Fen Bilimleri Enstitüsü, 2009-06-29) Cesur, Güher Işık ; Karabay Korkmaz, Arzu ; Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji ; Molecular Biology and Genetics
    Katanin 60 kDa (p60) ve 80 kDa (p80) büyüklüğünde iki alt üniteden oluşan ve ATP hidrolizleyerek mikrotubulleri parçalayan bir proteindir. KATNA1 geni tarafından kodlanan p60 alt ünitesi enzim aktivitesi ile mikrotubulleri keserken, KATNB1 geni tarafından kodlanan p80 alt ünitesi enzimin hücre içindeki lokalizasyonunda görevlidir. Bu çalışma ile KATNB1 geninin promotorundaki nükleotid dizisinin karakterizasyonu ve promotor bölgesindeki transkripsiyon faktör bağlanma bölgelerinin aydınlatılması amaçlanmıştır. Çalışmada, promotor bölgesinin karakterizasyonu için polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile KATNB1 geninin 1000 baz öncesinden başlanarak delesyon konstraktları hazırlanmış ve uygun primerler ile nested PZR tekniği uygulanarak daha kısa parçalar elde edilmiştir. Bu diziler promotor içermeyen fakat raportör (bildirici) bir gen (lusiferaz) içeren bir plazmit vektöre klonlanmıştır. Promotor bölgenin fonksiyonel analizi için bu konstraktların insan nöroblastoma hücrelerine transferiyle gen ekspresyonu üzerindeki etkilerinin incelenmesinde lusiferaz enziminin katalitik aktivitesinden yararlanılmıştır. 518 bp’lik TATA-sız promotorun yüksek seviyede promotor aktivitesi için yeterli olduğu gösterilmiştir. Promotor bölgenin Elk-1 transkripsiyon faktörü tarafından baskılandığı, PEA3 transkripsiyon faktörünün ise promotor bölge üzerinde etkisinin olmadığı gösterilmiştir.
  • Öge
    Global Kontrol Elemanlarının B. Subtilis’te Yer Alan Ywfh Geninin İfadesi Üzerindeki Etkileri
    (Fen Bilimleri Enstitüsü, 2009-06-29) Pinar, Orkun ; Yazgan Karataş, Ayten ; Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji ; Molecular Biology and Genetics
    Bu calışmada, belirli bazı Bacillus subtilis suşları tarafından sentezlenen, hücre dışı bir dipeptid antibiyotik olan basilisinin biyosentezi icin gerekli olduğu belirlenen ywfH geninin regulasyon mekanizması aydınlatılmaya calışılmıştır. Antibiyotik biyosentez mekanizması ile ilgili olduğu daha önce belirlenmiş olan srfA, oppA, comA, phrC, phrF, phrK, comQ (comX), comP, spo0H, spo0A, abrB, codY, degU and sigB regülatör genlerin ywfH geninin gen ifadesi üzerindeki etkilerini analiz etmek için ywfH gen bölgesinde transkripsiyonel ywfH-lacZ füzyonu içeren ve NAO1 olarak adlandırılan bir B. subtilis suşu oluşturulmuştur. Ardından regülatör genler, bu mutant NAO1 suşunda teker teker ya da birlikte bloke edilmiştir. ywfH geninin gen ifadesini belirlemek icin β-galaktozidaz deneyi kullanılmıştır. Elde edilen sonuçlar ile tüm bu regulatör genlerin ürünlerinin ywfH geninin ifadesini pozitif ya da negatif şekilde etkilediği ortaya konmuştur.