Bu çalışmada, “denaturant gradient gel electrophoresis” (DGGE) yöntemi kullanılarak Marmara Denizi’nin farklı noktalarından alınan anoksik sedimentlerdeki mikrobiyal komünite incelenmiştir. Marmara Denizi’nin 6 farklı noktasından alınan numunelerden önce genomik DNAlar çıkartılmış, ardından DNA’ların 16S rDNA’ları polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yardımıyla çoğaltılmıştır. Son olarak DGGE yöntemi kullanılarak Marmara Denizi’nin farklı noktalarından alınan sediment örneklerindeki bakteriyal ve arkeal komünitelerin benzerlikleri incelenmiştir. En son adım olarak da Quantity One programı kullanılarak bir filogenetik ağaç çıkartılmıştır. Bu çalışmanın sonucunda Marmara Denizi’ndeki anoksik sedimentlerde 26 farklı bakteriyal ve 27 farklı arkeal tür tespit edilmiştir. Moleküler çalışmalara ek olarak, sedimentler kimyasal açıdan da incelenmiş ve ağır metal, toplam karbon (TK), toplam organik karbon (TOC), toplam katı madde (TKM) ve toplam uçucu katı madde (TUKM) analizleri yapılmıştır.