BE- Hesaplamalı Bilim ve Mühendislik Lisansüstü Programı - Yüksek Lisans

Bu koleksiyon için kalıcı URI

http://hdl.handle.net/11527/251

Gözat

Konu "Biochemistry" ile BE- Hesaplamalı Bilim ve Mühendislik Lisansüstü Programı - Yüksek Lisans'a göz atma
  • Öge
    Computational study on the side reactions of dopa decarboxylase
    (Bilişim Enstitüsü, 2013) Çiçek, Erdem ; Sungur, Fethiye Aylin ; 371529 ; Hesaplamalı Bilim ve Mühendislik ; Computational Science and Engineering
    Bu çalışma kapsamında, enzimin farklı iki substratı olan serotonin (5-HT) ve d-triptofan metilester ile tranamination mekanizması hesapsal olarak aydınlatılmaya çalışılmıştır. Deneysel olarak öne sürülmüş olunan mekanizmalarda yer alan sabit yapılar B3LYP/6-31+G(d,p) teori seviyesinde optimize edilmiştir. Ayrıca çözücü etkisi de göz önüne alınmıştır. Çalışma sonucunda elde edilen bilgiler ışığında, DDC enziminin gerçekleştirdiği transminasyon reaksiyonunun mekanizması açıklanmaya çalışılmıştır. Ayrıca, yapılar arasındaki farklılıkların mekanizma üzerine etkileri de bu çalışma kapsamında elde edilen sonuçlardandır. Yan reaksiyonlar ile daha detaylı sonuçlar için QM/MM çalışmalarının sürdürülmesi ve bu sayede aktif bölgede yer alan amino asit yapılarının etkisinin ortaya çıkarılması önerilmektedir.
  • Öge
    The interactions of metal ions with thymine tautomers: A computational study
    (Bilişim Enstitüsü, ) Bayat, Semra ; Konuklar, Aylin ; 371500 ; Hesaplamalı Bilim Ve Mühendislik ; Computational Science and Engineering
    Bu çalışmada, çeşitli timin ve totomerlerinin metal iyonları ile etkileşiminin hesaplamalı kimya yöntemleri kullanılarak açıklanması amaçlanmıştır. Metal iyonlarının nükleobazın yanında bulunması, bazdaki elektron dağılımını ve de totomerik dengeyi büyük ölçüde etkilemektedir. Metal iyonları seyrek bulunan totomerlerin varolmasını sağlarken, bu totomerlerin varlığı ise nokta mutasyonu dahil çeşitli biyokimyasal süreçlerin oluşumunu sağlar. Çalışmamızda, DFT metodu B3LYP/6-31++G** seviyesinde kullanılarak Li+, Na+, K+, Be+2, Mg+2, Ca+2, Cu+, Cu+2 ve Fe+2metal iyonları ile timin, timin totomerleri ve metillenmiş timin türevlerinin etkileşimi incelenmiştir. Metal ve timin arasında katyon-heteroatom ve katyon-π bağlanmaları gözlemlenmiştir. Olası timin totomerlerinin N1-metilleştirmesi totomerik dengeyi etkilemezken, iyonların bazlarla olan etkileşim enerjileri büyük olmasından dolayı totomerik denge sıralamasını değiştirmiştir. Elde edilen sonuçlar, literatürdeki deneysel ve teorik çalışmalarla karşılaştırmış ve de doğrulanmıştır.