FBE- Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Lisansüstü Programı - Yüksek Lisans

Bu koleksiyon için kalıcı URI

http://hdl.handle.net/11527/181

Gözat

Konu "ABC Transporters" ile FBE- Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Lisansüstü Programı - Yüksek Lisans'a göz atma
  • Öge
    Bir Membran Proteini Olan P-glikoproteinin Statin Bazlı Kolesterol Düşürücü İlaçlarla Etkileşiminin Moleküler Modelleme Yoluyla İncelenmesi
    (Fen Bilimleri Enstitüsü, 2011-02-24) Karasu, Deniz ; Kök, Fatma Neşe ; Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji ; Molecular Biology and Genetics
    P-glikoprotein (Pgp), bir çoklu-ilaç direnç proteini olup fonksiyonu toksik maddeleri hücreden uzaklaştırma yolu ile hücreyi bu maddelerin zararlı etkilerin korumaktır. Pgp, kanser terapiden kalp damar hastalıklarına kadar çeşitli tipte ilaçı uzaklaştırabildiği için tedavi sürecinde kritik rol oynar. Bu ilaçların etkisini artırabilmek için Pgp’nin çalışmasını durduracak yada Pgp’ye uğramadan hücreye ulaşabilecek ilaçların tasarlanmasına ihtiyaç vardır. Bunu başarabilmek için ilk olarak Pgp’nin mekanizmasını anlamak gerekmektedir. Bu çalışmanın amacı moleküler dinamik simülasyon kullanarak Pgp’nin mekanizmasını anlamaktır. Bunun için Pgp substratı olduğu bilinen ALLM (N-asetil-leu-leu-met-al), AFMRF (N-asetil-phe-met-arg-phe-al) doğrusal peptidleri ve kolesterol düşürücü atorvastatin’nin lakton formu örnek molekül olarak kullanıldı. İlk olarak Pgp’nin lipid zar içine yerleştirilmesi gerçekeştirildi ve stabilitesi gözden geçirildi. Arkasından Pgp nin taşıma için gerekli enerjiyi tedariğine yönelik proteinin ilgili nükleotid bağlanma bölgelerine iki adet MgATP-2 molekülü yerleştirildi. Her bir simülasyon için oluşturulan bu yapıya farklı substratlar yerleştirildi ve 10 ns boyunca simüle edildi. Çalışma neticesinde doğrusal peptid zincirlerinin pek Pgp ile etkileşmediği gözlendi. Bunun sebebi peptid büyüklüklerinin yetersiz kalması olabilir. Çünkü Pgp aynı anda birden fazla ilaçı taşıyabilme kapasitesine sahip bir proteindir. Bu peptidler için de birden fazlası taşıma için gerekli olabilir. Ancak diğer taraftan atorvastatin lakton formu Pgp ile beklenen şekilde etkileşime girdi ve 10 ns simülasyon boyunca nükleotid bağlanma domainlerinde asimetrik bir kapanmaya neden oldu.