Tlr4 Sinyal Yolağının Modellenmesi
Tlr4 Sinyal Yolağının Modellenmesi
dc.contributor.advisor | Ekşi, Kazım Yavuz | tr_TR |
dc.contributor.author | Günel, Aylin | tr_TR |
dc.contributor.authorID | 465768 | tr_TR |
dc.contributor.department | Fizik Mühendisliği | tr_TR |
dc.contributor.department | Physics Engineering | en_US |
dc.date | 2012 | tr_TR |
dc.date.accessioned | 2013-04-22 | tr_TR |
dc.date.accessioned | 2015-07-09T11:50:59Z | |
dc.date.available | 2015-07-09T11:50:59Z | |
dc.date.issued | 2013-05-09 | tr_TR |
dc.description | Tez (Doktora) -- İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2012 | tr_TR |
dc.description | Thesis (PhD) -- İstanbul Technical University, Institute of Science and Technology, 2012 | en_US |
dc.description.abstract | Yaşam ile ilgilenen bilim alanlarının başlıca uğraşısı yaşamsal birimi oluşturan parçaların düzenini ve dinamiğini anlamaktır. Bu uğraş karmaşık etkileşimler içeren çok parçacık problemini çözmeye benzer, ki bu durumda parçacıkların yerini yüksek sayıda gen, protein ve diğer moleküller alır. Biyolojik yapıyı oluşturan temelleri anlamanın etkin yolarından biri de bilgisayar ortamında bu tarzda hesaplamalı modeller oluşturmaktır. Biz bu çalısmada vücudun doğal bağışıklık sisteminde önemli rol oynayan NFκB-IκB sinyal modülünü kotrol teorisi yöntemleri kullanarak, ve yine hayati açıdan çok onemli TLR4-MyD88, interferon beta sinyal yolağı isimli iki yolağını reaksiyon kinetiği differansiyel denklemleri kullanarak bilgisayar ortamında modelledik. Bağışıklık sistemini sinyal yolaklarının bu tür bilgisayar modelleri ile kombinasyonu, yolakları tek tek incelendiği zaman açıklamanın mümkün olmadığı pek çok olaya çözüm getirebilir. Bu durum göz önünde bulundurularak bu çalışmadaki modeller ile literatürdeki ilgili yolaklarının modelleri uyumlu olarak geliştirilmiştir. | tr_TR |
dc.description.abstract | A principal challenge for the life sciences is to understand the organization and dynamics of those components that make up a living system. Understanding the systems of cellular processes is very similar to solving many body problems including complex interactions, in this case among a large number of genes, proteins and other molecules. One way to achieve such an aim is passing thought the investigation of signaling pathways by computational modeling approaches. In this study we examine NFκB-IκB signalling module by control theory methods and the interactions between the TLR4 MyD88 independent pathway and interferon pathway by utilizing reaction kinetics ODEs. The model designed to reproduce the published IRF3, IFNβ, data in the literature and to estimate the profile for ISGF3 after triggered directly by IFNβ and in indirect manner by MyD88 independent pathway. | en_US |
dc.description.degree | Doktora | tr_TR |
dc.description.degree | PhD | en_US |
dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11527/7199 | |
dc.publisher | Fen Bilimleri Enstitüsü | tr_TR |
dc.publisher | Institute of Science and Technology | en_US |
dc.rights | İTÜ tezleri telif hakkı ile korunmaktadır. Bunlar, bu kaynak üzerinden herhangi bir amaçla görüntülenebilir, ancak yazılı izin alınmadan herhangi bir biçimde yeniden oluşturulması veya dağıtılması yasaklanmıştır. | tr_TR |
dc.rights | İTÜ theses are protected by copyright. They may be viewed from this source for any purpose, but reproduction or distribution in any format is prohibited without written permission. | en_US |
dc.subject | NFκB | tr_TR |
dc.subject | TLR4 | tr_TR |
dc.subject | IFNβ | tr_TR |
dc.subject | Modelleme | tr_TR |
dc.subject | NFκB | en_US |
dc.subject | TLR4 | en_US |
dc.subject | IFNβ | en_US |
dc.subject | Modeling | en_US |
dc.title | Tlr4 Sinyal Yolağının Modellenmesi | tr_TR |
dc.title.alternative | Modeling Of Tlr4 Signal Transduction Pathway | en_US |
dc.type | Doctoral Thesis | en_US |