Hsp70 Lerin Atpaz Parçasındaki Moleküler Aktifleşme Mekanısmasının Araştırılması

dc.contributor.advisor Dinler Doğanay, Gizem tr_TR
dc.contributor.author Kıçik, Ani tr_TR
dc.contributor.authorID 424380 tr_TR
dc.contributor.department Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji tr_TR
dc.contributor.department Molecular Biology and Genetics en_US
dc.date 2012 tr_TR
dc.date.accessioned 2012-02-22 tr_TR
dc.date.accessioned 2015-06-15T19:16:56Z
dc.date.available 2015-06-15T19:16:56Z
dc.date.issued 2012-06-04 tr_TR
dc.description Tez (Yüksek Lisans) -- İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2012 tr_TR
dc.description Thesis (M.Sc.) -- İstanbul Technical University, Institute of Science and Technology, 2012 en_US
dc.description.abstract Bu çalışmada, Hsp70’in iki bölge arasındaki sinyal iletim mekanizmasının moleküler temellerinin aydınlanmasını sağlamaya yönelik derin bir bakış açısı kazanılması amaç edinilmiştir. Bu bakımdan, DnaK(1-388) kullanılarak ATPaz allosterik mekanizmasında kritik öneme sahip olduğu düşünülen birçok amino asit ile mutasyon analizleri yapılmıştır. Bu mutasyon analizleri için seçilen residüler, ATPaz bölgesinin nükleotid bağlanma bölgesine yakın His226, Thr225, Asp85, Arg71 ve bu bölgeden biraz uzak olan His295’dir. Deneysel sonuçlarda, D85A ve R71A mutantlarının ATPaz aktivitelerinde yabanıl tip DnaK(1-388)’e kıyasla yüksek oranda artışa sebep oldukları gözlenmiştir. Bu sonuçlar, Asp85 ve Arg71 residülerinin ATPaz aktivitesinin düzenlenmesinde baskılayıcı etkilerinin olduğunu göstermektedir. Bunun yanında, H226A, H226F ve T225A mutantlarınınn pH aktivite profillerinin yabanıl tip DnaK(1-388)’e benzer olması bu mutasyonların ATPaz mekanizmasında bir etkilerinin olmadığını düşündürtmüştür. Bunların dışında, D85E ve H295D mutantları yabanıl tipten farklı bir pH aktivite profili sergilemiş ve DnaK(1-392)’ye benzer olarak pH 7.5 civarında bir aktivite artışı göstermişlerdir. Bu sonuçlar, bu mutantların DnaK(1-392)’ye benzer bir konformasyon gösterip, DnaK(1-392)’den kıyasla daha az da olsa ATPaz aktivitesinin stimülasyonunda etkilerinin olduğunu düşündürtmüştür. ATPaz aktivite deneyleri dışında mutasyonların neden olduğu ikincil yapısal değişiklikleri gözlemlemek için yapılan denatüre edici olmayan jellerde D85E ve H295D mutantlarının ATP varlığında benzer oligomerizasyon göstermeleri DnaK(1-388)’de bağlaç olmamasından dolayı IA ve IIA alt bölgeler arasındaki hidrofobik bölgesinin ATP-bağlı haldeyken açık olması sayesinde eksi yüklü residüler ile etkileşime girerek oligomerizasyona yol açtığını düşündürtmüştür. tr_TR
dc.description.abstract In this study, we aimed to understand allosteric mechanism underlying the linker binding effects to the ATPase domain by pinpointing the critical residues that are present in DnaK(1-388). In this regard, mutagenesis was performed on these residues and pH-dependent ATPase assays were done to understand the roles of these residues in the pH-dependent ATPase activity. When pH-activity profiles of Thr225 and His226 replacements were compared to that of the ATPase constructs, we found that mutations of these sites did not alter the ATPase mechanism and we revealed that the activity mechanism of the ATPase domain is different for linkerless version, DnaK(1-388), compared to DnaK(1-392). On the other hand, we found that replacement of Asp85 and Arg71 cause 16 fold increase in the ATPase rate indicating these residues have repressive effects on the modulation of ATPase activity in the linkerless version, DnaK(1-388). In this study, His295 was also investigated for its possible effect on the pH- dependent ATPase activity. We observed similar shift in the pH activity profiles of H295D and D85E mutantsas observed in the DnaK(1-392) may indicating these mutations can stimulate ATPase to a lesser extend than DnaK(1-392). In addition, to understand the structural effects of mutations we also did native gel electrophoresis and observed similar oligomerizations for D85E and H295D suggesting that linker binding cleft is exposed in the DnaK(1-388) in ATP-bound state and interact with negative residues. en_US
dc.description.degree Yüksek Lisans en_US
dc.description.degree M.Sc. tr_TR
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/11527/5449
dc.publisher Fen Bilimleri Enstitüsü tr_TR
dc.publisher Institute of Science and Technology en_US
dc.rights İTÜ tezleri telif hakkı ile korunmaktadır. Bunlar, bu kaynak üzerinden herhangi bir amaçla görüntülenebilir, ancak yazılı izin alınmadan herhangi bir biçimde yeniden oluşturulması veya dağıtılması yasaklanmıştır. tr_TR
dc.rights İTÜ theses are protected by copyright. They may be viewed from this source for any purpose, but reproduction or distribution in any format is prohibited without written permission. en_US
dc.subject DnaK tr_TR
dc.subject ATPaz bölgesi tr_TR
dc.subject allosterik mekanizma tr_TR
dc.subject DnaK en_US
dc.subject ATPase domain en_US
dc.subject allosteric mechanism en_US
dc.title Hsp70 Lerin Atpaz Parçasındaki Moleküler Aktifleşme Mekanısmasının Araştırılması tr_TR
dc.title.alternative Studying Linker Induced Effects To The Atpase Domain Of Dnak en_US
dc.type Thesis en_US
dc.type Tez tr_TR
Dosyalar
Orijinal seri
Şimdi gösteriliyor 1 - 1 / 1
thumbnail.default.alt
Ad:
12381.pdf
Boyut:
1.58 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Açıklama
Lisanslı seri
Şimdi gösteriliyor 1 - 1 / 1
thumbnail.default.placeholder
Ad:
license.txt
Boyut:
3.16 KB
Format:
Plain Text
Açıklama