Marmara Denizinden Alınan Anoksik Sedimentteki Arkeal Ve Bakteriyel Çeşitliliğin İncelenmesi

Abstract

Bu çalışmada, “denaturant gradient gel electrophoresis” (DGGE) yöntemi kullanılarak Marmara Denizi’nin farklı noktalarından alınan anoksik sedimentlerdeki mikrobiyal komünite incelenmiştir. Marmara Denizi’nin 6 farklı noktasından alınan numunelerden önce genomik DNAlar çıkartılmış, ardından DNA’ların 16S rDNA’ları polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yardımıyla çoğaltılmıştır. Son olarak DGGE yöntemi kullanılarak Marmara Denizi’nin farklı noktalarından alınan sediment örneklerindeki bakteriyal ve arkeal komünitelerin benzerlikleri incelenmiştir. En son adım olarak da Quantity One programı kullanılarak bir filogenetik ağaç çıkartılmıştır. Bu çalışmanın sonucunda Marmara Denizi’ndeki anoksik sedimentlerde 26 farklı bakteriyal ve 27 farklı arkeal tür tespit edilmiştir. Moleküler çalışmalara ek olarak, sedimentler kimyasal açıdan da incelenmiş ve ağır metal, toplam karbon (TK), toplam organik karbon (TOC), toplam katı madde (TKM) ve toplam uçucu katı madde (TUKM) analizleri yapılmıştır.

In this study, microbial community in anoxic marine sediments which were taken from different six regions of the Marmara Sea was analyzed using the “denaturant gradient gel electrophoresis” (DGGE). Firstly, genomic DNAs of microorganisms were extracted from the sediment samples and 16S rDNAs were amplified via polymerase chain reaction (PCR). Then, similarities of archaeal and bacterial diversities in anoxic marine sediments which were taken from six different points from the Marmara Sea were investigated using DGGE. Finally, a phylogenetic tree was drawn via Quantity One. In conclusion, 26 different bacterial species and 27 different archaeal species were found. In addition of molecular studies, sediment samples were analyzed chemically. Heavy metal, total carbon (TC), total organic carbon (TOC), total solid (TS) and total volatile solid (TVS) contents of sediments were examined.