Tıtanyuma Özgün Polipeptitlerin Faj Gösterim Tekniğiyle Seçimi

dc.contributor.advisor Bermek, Hakan tr_TR
dc.contributor.author Karabulut, Kamil Semih tr_TR
dc.contributor.department Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji tr_TR
dc.contributor.department Molecular Biology and Genetics en_US
dc.date 2006 tr_TR
dc.date.accessioned 2015-06-15T19:16:48Z
dc.date.available 2015-06-15T19:16:48Z
dc.description Tez (Yüksek Lisans) -- İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2006 tr_TR
dc.description Thesis (M.Sc.) -- İstanbul Technical University, Institute of Science and Technology, 2006 en_US
dc.description.abstract Organik-inorganik hibrid sistemleri hemen hemen tüm organizmalar kullanılırlar. Bu sistemler yapısal ve/veya koruyucu amaçlı olmakla beraber aynı zamanda hücreler arası etkileşimde de görev alırlar. Bu tip organik-inorganik hibritlerin oluşmasında başlıca rolü proteinler oynamaktadır. Bu mükemmel işlevsellikleri nedeniyle inorganik malzemelere özgün olan polipeptidler biyoteknolojide ve nanobiyoteknolojide kullanılmaya çalışılmaktadır. Faj gösterim tekniği çeşitli inorganik malzeme yüzeylerine özgün olarak bağlanan polipeptitlerin seçiliminde kullanılan kombinatoryal biyoloji tabanlı bir yöntemdir. İnorganiklere özgün olan polipeptitler moleküler bağlayıcı veya inorganik sentezi gibi nano ve bionanoteknolojik alanlarda kullanılabilir. Bu çalışmada toz titanyuma özgün polipeptitler faj gösterim yöntemiyle seçilmiştir. Titanyumun inorganik malzeme olarak seçilmesinin sebebi biyouyumluluğu yüksek bir malzeme olması ve tıp alanında özellikle diş implantlarında sıklıkla kullanılmasıdır. Titanyuma özgün polipeptitlerin seçimi C7C faj gösterim kütüphanesinden yapılmıştır. Faj gösterim protokolü uygulanmadan önce malzeme karakterizasyonu deneyleri yapılmıştır. Deney seti süresince 3 döngü yapılmıştır. Bu döngüler sonucunda rastgele 51 dizi seçilip titanyuma bağlanma eğilimi ve özgünlüğü incelenmiştir. Deney setinin sonunda, tanımlanan polipeptit dizilerinin amino asit oranları hesaplanarak faj kütüphanesindeki amino asit oranlarıyla karşılaştırılmıştır. Daha sonra orantısal analizleri yapılan polipeptit dizilerinin titanyuma bağlanma eğilimlerini araştırmak için floresan mikroskobu çalışması yapılmıştır. Seçilen polipeptitlerin titanyumun yüzeyine bağlanma eğilimleri incelenip, güçlü, orta ve zayıf bağlanan olarak 3 kategoriye ayrılmıştır. Güçlü bağlanan polipeptitler titanyuma olan özgünlüğünü anlamak için platin, gümüş ve silika ile florasan mikroskobu çalışmaları yapılmıştır. tr_TR
dc.description.abstract Nearly all the organisms utilize organic-inorganic hybrid systems. Either these systems play structural and/or defensive roles, or function in intercellular interactions between cells. Proteins are the major molecules in formation of this type of hybrid systems. Polypeptides are used in biotechnologic and nano-biotechnologic areas due to their excellent functionality in complexes with inorganic materials. Phage display technique is one of the combinatorial biology based selection techniques used in biomimetics to select inorganic binding polypeptides. Inorganic specific polypeptides can be used in nanotechnological and bionanotechnological applications as molecular linkers and take role in inorganic biomineraliazation. In the current work, titanium specific polypeptides were selected via using phage display technique. The rationale for selecting titanium as an inorganic subtrate may be explained by its biocompatibility and popularity in medical implants, especially the dental implants. C7C phage library was used to select titanium specific polypeptides. Before screening, material characterization studies were carried out. After 3 rounds of screening 51 sequences were randomly selected to study the binding affinities and specificities. At the end of the screening, procedure amino acid distribution of selected sequences and observed amino acid frequencies in library were compared, after amino acids frequency analyses, fluorescence microscopy experiments were carried out in order to understand the binding affinity of selected polypeptides to titanium powder. After fluorescence microscopy studies, polypeptides were grouped as strong, moderate and weak binding polypeptides. Selection of strong polypeptides was not considered sufficient to assure which polypeptide was “specific” to titanium therefore cross specificity experiments were performed with platinum, silver and silica by examination on fluorescence microscopy. en_US
dc.description.degree Yüksek Lisans en_US
dc.description.degree M.Sc. tr_TR
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/11527/5442
dc.publisher Fen Bilimleri Enstitüsü tr_TR
dc.publisher Institute of Science and Technology en_US
dc.rights İTÜ tezleri telif hakkı ile korunmaktadır. Bunlar, bu kaynak üzerinden herhangi bir amaçla görüntülenebilir, ancak yazılı izin alınmadan herhangi bir biçimde yeniden oluşturulması veya dağıtılması yasaklanmıştır. tr_TR
dc.rights İTÜ theses are protected by copyright. They may be viewed from this source for any purpose, but reproduction or distribution in any format is prohibited without written permission. en_US
dc.subject Titanyuma özgün polipeptitler tr_TR
dc.subject biyobenzetim tr_TR
dc.subject biyonanoteknoloji tr_TR
dc.subject biyomedikal uygulamalar tr_TR
dc.subject faj gösterim tekniği tr_TR
dc.subject Titanium binding polypeptides en_US
dc.subject biomimetics en_US
dc.subject bionanotechnology en_US
dc.subject biomedical applications en_US
dc.subject phage display en_US
dc.title Tıtanyuma Özgün Polipeptitlerin Faj Gösterim Tekniğiyle Seçimi tr_TR
dc.title.alternative Selection Of Titanium Specific Polypeptides By Phage Display Technique en_US
dc.type Thesis en_US
dc.type Tez tr_TR
Dosyalar
Orijinal seri
Şimdi gösteriliyor 1 - 1 / 1
thumbnail.default.placeholder
Ad:
3779.pdf
Boyut:
3.53 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Açıklama
Lisanslı seri
Şimdi gösteriliyor 1 - 1 / 1
thumbnail.default.placeholder
Ad:
license.txt
Boyut:
3.16 KB
Format:
Plain Text
Açıklama