FBE- Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Lisansüstü Programı - Yüksek Lisans
Bu koleksiyon için kalıcı URI
Gözat
Yazar "Akarsubaşı, Alper Tunga" ile FBE- Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Lisansüstü Programı - Yüksek Lisans'a göz atma
Sayfa başına sonuç
Sıralama Seçenekleri
-
ÖgeAnoksik Ortamda Biyolojik Fosfor Giderimi Yapan Bakteri Çeşitliliğinin Floresan Yerinde Hibritleşme (fısh) Tekniği İle İncelenmesi(Fen Bilimleri Enstitüsü, 2013-07-19) Ulutaş, Mehmet Sefa ; Akarsubaşı, Alper Tunga ; 10005548 ; Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji ; Molecular Biology and GeneticsEBPR (Enhanced Biological Phosphate Removal) biyolojik aşırı fosfor giderimi olarak tanımlanan proses, fosfatın atık sulardan uzaklaştırılması işlemidir. Fosfor gideriminin yapıldığı EBPR reaktörlerindeki mikrobiyal toplulukların ne olduğunu ve belirli aralıklarla nasıl değiştiğini öğrenmek; hem EBPR prosesinin performansı hem de reaktördeki biyokimyasal yolağın nasıl işlediği ile ilgili soruların yanıtlanmasına yardımcı olacaktır. Bu çalışmada oksik ve anosik ortamda biyolojik aşırı fosfor giderimi (BAFG) yapan önde ve sonda denitrifikasyon örneklerin mikrobiyal toplulukların içerisindeki değişimini karakterize etmektir. Önde ve sonda denitrifikasyon örneklerin mikrobiyal topluluklarından oluşan 5 tane sonda denitrifikasyon 10 tane önde denitrifikasyon olmak üzere toplamda 15 tane örnek 16S rRNA geninin polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile çoğaltılıp DGGE analizi yapılmış ve klon kütüphanesi oluşturulmuştur. Mikrobiyal yakıt hücrelerinden farklı zamanlarda alınan 15 örneğin analizinde post denitrifikasyon örneklerinin mikrobiyal topluluklarının zaman içerisinde değiştiği, pre-denitrifikasyon örneklerinin ise kısmen mikrobiyal biyo-çeşitliliğini koruduğu sonucuna varılmıştır. Tercih edilen bir BAFG sistemi olması açısından, önde denitrifikasyon prosesinin ilk ve son örneğinin klon kütüphanesi oluşturulmuş ve seçilen klonların sekanslaması yapılmıştır. DGGE analizleri, klon kütüphanesi, sekans verileri ve FISH teknikleri kullanılarak yapılan mikrobiyal kominite analizleri önde denitrifikasyon prosesindeki örneklerin mikrobiyal çeşitliliğinin daha fazla olduğu belirlenmiştir. Çalışmanın ikinci aşamasında ise; Önde ve sonda denitrifikasyon örnekleri fosfat depolayan organizmalara (PAOs) ve glikojen depolayan organizmalara (GAOs) ait spesifik problar yardımıyla floresan yerinde hibritleşme tekniği kullanılarak reaktör sisteminde bulunan PAO-GAO oranının belirlenmesidir. Pre-denitrifikasyon ve post-denitrifikasyon EBPR örneklerinin PAOmix probu ile yapılan FISH sonuçlarına göre tüm örneklerde fosfat depolayan bakteriler (PAO) baskın olarak gözükmektedir.
-
ÖgeAnoksik Ortamda Biyolojik Fosfor Giderimi Yapan Bakteri Çeşitliliğinin Kantitatif Gerçek Zamanlı Zincir Tepkimesi Tekniği İle İncelenmesi(Fen Bilimleri Enstitüsü, 2013-09-13) Ergal, İpek ; Akarsubaşı, Alper Tunga ; 10006137 ; Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji ; Molecular Biology and GeneticsGünümüzde uygulanan biyolojik aşırı fosfor giderimi (BAFG) karışık bir proses olduğu kadar oldukça gelişmiş; maliyeti düşük, çevreye dost atıksu arıtma proseslerinden biridir. BAFG Fosforun giderimi ve potansiyel yeniden fosfor kazanımında, su kaynaklarını ötrofikasyona karşı korumada sürdürülebilir bir yol olduğundan, gün geçtikçe Dünya çapında daha da popüler hale geliyor. BAFG, karmaşık mikrobiyal komünite ile uygulanan iyi bilinen, belirlenmiş sınırları nedeniyle mikrobiyal ekolojide model ekosistem olmak için oldukça uygun bir prosestir. BAFG prosesinin prensibi ardışık anaerobik-aerobik ve/veya anaerobik-denitrifiye koşullarda hücre içinde aşırı miktarda polifosfatı depolayan mikroorganizmaların (PAO) zenginleşmesine dayanır. Yüksek fosfor içeriğine sahip bu mikroorganizmaların fazla çamurla sistemden atılması ile biyolojik aşırı fosfor giderimi gerçekleşmiş olur. Ham atıksuyun içindeki kompleks yapıdaki organik madde anaerobik ortamda fermantasyon sonucu daha basit yapıda uçucu yağ asitlerine (UYA) (örn. asetik asit (HAc)) dönüşürler. Fosfat depolayan mikroorganizmalar anaerobik ortamda oluşan uçucu yağ asitlerini hücre içinde poli- -hidroksialkanoatlar (PHA) (örn. poly-β-hidroksibütirat (PHB)) olarak sentezlerler. Sentezleme için gerekli olan enerji hücre içindeki polifosfat (ATP) ve glikojenin parçalanması ile elde edilir ve bunun sonucunda yüksek miktarlarda fosfor salınımı gerçekleşir. Daha sonra aerobik faza gelen PAO lar aerobik ortamda büyürler. Bünyelerindeki polifosfatı ve glikojeni geri kazanmak için gerekli olan karbon ve enerji kaynağı olarak daha önce anaerobik ortamda depoladıkları PHB’ları kullanırlar. Polifosfatın hücre içinde tekrar depolanması için gerekli olan enerji aerobik ortamda PHB oksidasyonu ile sağlanır. Aerobik ortamda hücreye geri alınan fosfat miktarı anaerobik ortamda salınan fosfattan daha fazla olduğu için biyolojk aşırı fosfor giderimi gerçekleşmiş olur. Son yıllarda biyolojik besi giderimi (BBG) prosesleri ile ilgili yapılan çalışmalar anoksik ortamda elektron alıcısı olarak nitratı (NO3-N) ve/veya nitriti (NO2-N) kullanarak fosfat depolama kabiliyetine sahip organizmaların (denitrifikasyon yapabilen fosfat depolayan organizmalar (DPAO)) varlığını ortaya çıkarmıştır. Klasik biyolojik fosfor giderimi (anaerobik-aerobik) ile kıyaslandığında çamur üretiminde %50, oksijen tüketiminde %30 azalma sağlayan ve karbon kaynağının verimli bir şekilde kullanıldığı anoksik ortamda biyolojik fosfor giderimini etkileyen faktörlerin incelenmesi önem teşkil etmektedir. Literatür incelendiğinde Accumulibacter türlerinin aerobik ve anoksik BAFG giderim sistemlerinde etkin türlerden biri olduğu görülür. Bu nedenle bu mikroorganizmaların BAFG prosesi üzerine etkilerini belirlemek ilginç bir bilimsel araştırma konusu haline gelmiştir. Bu çalışmada, başarıyla işletilmiş iki farklı denitrifiye fosfor giderim prosesi ve onların mikrobiyal komünite yapılarının arasındaki bağlantıyı araştırmak hedeflenmiştir. Bu amaçla Marmara Üniversitesindeki proje ortaklarımız; iki farklı ardışık kesikli reaktör, oksik-anoksik koşullarda ve sonda denitrifikasyon-önde denitrifikasyon konfigürasyonlarında incelenmiştir. Konvansiyonel datalara göre, karbon/azot oranlarına sahip atıksular için önde denitrifikasyon proses konfigürasyonu daha uygundur. Sonda denitrifikasyon-önde denitrifikasyon konfigürasyonlarından belirli zamanlarda alınan örneklerle, ortamda varsayılan Candidatus Accumulibacter phosphatis ‘in varlığını kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir tepkimesi metoduyla belirlenmesi için çalışılmıştır. Önde denitrifikasyon proses örneklerinde Candidatus Accumulibacter phosphatis sayısal olarak yükselen bir profil sergilerken, sonda denitrifikasyon proses örnekleri dalgalanan bir profil sergilemiştir. Önde denitrifikasyon konfigürasyonunda Candidatus Accumulibacter phosphatis miktarsal olarak fosfat giderimiyle doğru orantılı olacak şekilde artmıştır. Önde denitrifikasyon konfigürasyonlarında Candidatus Accumulibacter phosphatis’ in baskınlığını öne sürerken, sonda denitrifikasyon konfigürasyonlarında; Actinobacter türü fosfat depolama kabiliyetine sahip organizmalar ya da henüz belirlenememiş mikroorganizma grupları baskın olabileceğini işaret etmektedir. Tüm bu sonuçlar ışığında; her iki proses konfigürasyonu için ortak bir problem olan nitrit ve/veya nitrat iyonunun anaerobik faza taşınmasını engellemek amacı ile anaerobik faz öncesinde çamurun anoksik koşullar altında gideriminin avantajlı sistem olarak önerilebilir.
-
ÖgeLaboratuvar Ölçekli Anammox Reaktörlerde Mikrobiyal Topluluğun Moleküler Yöntemlerle Araştırılması(Fen Bilimleri Enstitüsü, 2013-08-13) Esen, Elif ; Akarsubaşı, Alper Tunga ; 10011643 ; Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji ; Molecular Biology and GeneticsBiyolojik atık su arıtımı organik ve inorganik bileşiklerin uzaklaştırılmasında kullanılan, yaklaşık yüzyıllık bir geçmişe sahip önemli biyoteknolojik proseslerden biridir. Nitrat, nitrit, amonyum gibi azotlu bileşiklerin toksik etkisinden dolayı nitrojen giderimi biyolojik atıksu arıtımında kritik bir yere sahiptir. Anammox (anaerobik amonyum oksidasyonu) prosesi ise konvensiyonel metodlara kıyasla korbon ve oksijen gerektirmediği için yeni ve az enerji harcayan bir alternatif.Atıksu arıtım sistemlerinde genel yaklaşım konvensiyonel parametreler ile çalışmaya meyilli olsa da, moleküler teknikler proses dizaynında, işletilmesinde ve kontrolünde bize daha geniş bir bakış açısı sağlayabilir. Moleküler teknikler proseste yer alan mikroorganizma türlerini ve miktarlarını belirlemede kullanılır. Böylece konvensiyonel parametrelerle moleküler parametreler karşılaştırılarak daha üst düzey arıtma sistemleri kurulabilir. Bu çalışma moleküler teknikler kullanılarak laboratuvar ölçekli Anammox reaktörde mikrobiyal komünitenin incelenmesini hedefemektedir. Bu amaçla floresan in situ hibridizasyon (FISH) ve 16S rDNA gen bazlı moleküler yöntemler anammox bakterisi, amonyağı oksitleyen bakteri (AOB), amonyağı oksitleyen arke (AOA) ve nitrit oksitleyen bakteri (NOB) gibi mikroorganizma çeşitlerinin varlığı araştırıldı. Örnekler Marmara Üniversitesi’nde kısmi nitrifikasyon reaktörü ve anammox reaktöründen elde edildi. FISH sonuçlarına göre kısmi nitrifikasyon reaktöründe NTSPA0662 ve NSO1225 probları kullanılarak NOB ve AOB türleri saptandı. Anammox reaktöründe ise PLA46, AMX368, BS820 ve AMX820 probları kullanılarak Planktomisetes ve anammox bakteri türlerinin olduğu belirlendi. DGGE sonuçlarına baktığımızda ise numuneler arası değişimin olduğunu biyonümerik analiz sonuçlarından görmekteyiz. Bu sonuçlara göre hem kısmi nitrifikasyon ve hem anammox reaktöründe hedeflenen türler aktif olarak yer almaktadır.
-
ÖgeProtein-protein Etkileşiminin Sadeleştirilmiş Bir Modeli: Hesapsal Metotlar Kullanılarak Barnase-barstar Etkileşiminin İncelenmesi(Fen Bilimleri Enstitüsü, ) Buruk, Banu ; Akarsubaşı, Alper Tunga ; Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji ; Molecular Biology and GeneticsMetabolik aktivite regülasyonu, biyokimyasal reaksiyon katalizlenmesi, hücrelerin yapısal bütünlüğünün muhafaza edilmesi gibi çok önemli yaşamsal faliyetlerin sorumlusu proteinlerdir. Bu sorumluluklarını birbirleri arasındaki sinyal mekanizmaları ile yerine getirdikleri için aralarındaki etkileşimler, üzerinde en çok düşünülen konulardan biri olmuştur. Bu çalışmada, barnase ve barstar proteinlerinin etkileşimi moleküler mekanik yaklaşımı ile incelenmiştir. Protein kompleksinin kristal yapısı baz alınarak, ara yüzey geometri optimizasyonu ile çözümlenmeye çalışıldı. Barnase proteinin aktif bölgesinde bulunan Glu73 amino asiti üç farklı ortamda, dört farklı amino asit ile değiştirilmiştir. Sistemde su moleküllerinin varlığı ile birlikte zvitteriyonik (çift kutuplu) ortam, gaz ortamı ve protein sekanslarının uçlarına CH3 eklenerek üç farklı ortam yaratıldı. Elde edilen enerjiler, amino asitlerin R-grupları ile H2O molekülleri arasındaki etkileşimlerin ve farklı olabilecek pH değerlerinin etkisinin önemini gösterdi. Karara vardırıcı sonuç ise protein sekanslarının uçlarına CH3 eklenerek yaratılan ortamda orjinal barnase-barstar kompleksini en gerçekçi sonuçlarla taklit edebilmemiz olmuştur.
-
ÖgeTeksil Boyalarını Gideren Tek Odalı Hava-katot Mikrobiyal Yakıt Hücrelerinde Katot Mikrobiyal Film Topluluklarının Belirlenmesi(Fen Bilimleri Enstitüsü, 2010-07-09) Kumru, Mert ; Akarsubaşı, Alper Tunga ; Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji ; Molecular Biology and GeneticsBeş farklı tekstil boyasını gideren tek odalı hava-katot mikrobiyal yakıt hücrelerindeki (MYH) katot mikrobiyal film toplulukları 16S rRNA gene dayalı metotlarla tespit edilmiştir. Aynı aşı, elektrot materyalleri, MYH tasarımları ve çalıştırma koşullarına rağmen MYH’ler arası maksimum güçler farklılık göstermiştir. PZR-DGJE analizleri sonucunda reaktörlere tekstil boyalarının verilmesiyle mikrobiyal topluluklarda önemli miktarda değişimler görülmüştür. Oluşturulan klon kütüphanelerinin analizlerinde Alfa-, Beta- ve Gammaproteobakterilere ve Aktinobakterlere ait muhtelif bakteriyel gruplar tespit edilmiştir. Bu gruplar içerisinde Aquamicrobium, Mesorhizobium, Ochrobactrum, Thauera, Paracoccus, Achromabacter, Chelatacoccus ve Methanobacterium ilişkili türler klon frekanslarına gore ana türler olarak belirlenmiştir. Geçmiş çalışmalardan farklı olarak, elde edilen sonuçlar katot mikrobiyal film topluluklarının da tek odalı MYH’lerde güç üretiminde etkin olabileceğini göstermektedir. Rhizobiales klonlarının %59.5’ini oluşturan Mesorhizobium türü mikrobiyal filmde en sık rastlanan bakteridir. Bu durum, türün, aerobik solunumda oksijeni terminal elektron alıcısı olarak kullanabilmesi ile örtüşmektedir. Türlerin metabolik aktiviteleri ile MYH performansının ilişkilendirilmesi konusunda yapılacak çalışmalar daha verimli enerji üretilmesine olanak sağlayabilir.