Transkripsiyon Başlangıcını Sağlayan Moleküler Etkileşimler: Hesapsal Bir Çalışma

Abstract

Bu çalışmada, moleküler modelleme teknikleri kullanılarak, transkripsiyon başlangıcında, ilgili DNA promotor bölgelerinin seçiminden sorumlu olan σ proteininin bu işlevde önemli rol oynadığı düşünülen amino asit öğeleri çalışılmıştır. Çalışmada, hesaplanan potansiyel enerji ve optimizasyon sonucunda oluşan moleküler geometri esas alınmıştır. Daha önce, farklı metodlarla işlevleri gösterilen amino asit öğelerinin, bu görevleri bu defa moleküler modelleme teknikleri kullanılarak gösterilmiştir. Çalışmada, moleküler modelleme yoluyla elde edilen sonuçlar, daha önce X-ışnı kristallograsi ve moleküler genetik çalışmalarla elde edilen sonuçlarla örtüşmektedir, buna ek olarak, bu görevlerin yerine getirilmesinde, DNA promoter bölgesindeki nükleotidler/bazlar ve ilgili σ amino asitleri arasındaki moleküler etkileşimler ortaya çıkarılmış, transkripsiyon başlangıcı için gerekli olan bazı moleküler etkileşimler gösterilmiştir.In this study, amino acid residues of σ, which is responsible from the recognition of relevant promotor regions on DNA, were studied via molecular modeling techniques. Mainly, calculated energy and molecular geometry yielded after optimizations were used. Contributions of these amino acid residues, which were previously shown by different methods, were shown via molecular modeling techniques this time. Results of the study is supportive to the results obtained previously by X-ray crystallography and molecular genetics studies. In addition to that, interactions between nucleotides of promotor DNA and amino acids of σ were shown and specific molecular interactions required for transcription initiation were revealed.