Afinite Uygulamalarını Test Etmeye Yönelik Değişken Çok İşlevli Moleküler Vektör Tasarımı

Abstract

Biyomoleküller peptid-protein etkileşimleri ile doğru fonksiyonel yapılar kullanı-larak her türlü materyal yüzeyine yüksek afinite ile bağlanabilir. Bizim çalışma grubumuzda işlevsel malzemeler için inorganiklere bağlanan çok farklı peptidler seçilip karakterize edilmiştir. Bu peptidler birçok biyo- ve nano-teknolojik uygulamalar için moleküler bağlayıcı olarak kullanılabilir. Ancak bu peptidlerin uygulanabilirliği yüksek afinite gösteren diğer var olan amino asit dizisinden oluşan işaret (“tag”) sistemleri ile karşılaştırılmalıdır. Burada bizim amacımız tasarladığımız vektör sistemi ile Histidin işaretli GFPuv proteinini aralarında bir bağlayıcı ile birlikte gen ifadesini sağlamaktır. Aynı vektör sistemi quartz bağlayıcı peptid (QBP) işaretli GFPuv protein için de uygulanmıştır. Yaygın olarak kullanılan bir yöntem olan histidin işaretleme ile protein izolasyon yöntemi parallel bir çalışma ile QBP işaretli protein izolasyon yöntemi ile karşılaştırılıyor. Buradaki genel amaç uygun enzim kesim bölgelerini de içeren değişken bir vektör sistemi oluşturarak hem Histidin işaretleyici kısmı hem de biyoişlevsel protein kısmını değiştirmeye uygun başka inorganic bağlayıcı peptid işaretleyicileri ve fonksiyonel proteinler için de uygulanabilir bir yöntem geliştirmektir.

Biomolecules can be linked via peptide-protein constructs to any material with right functional domains recognizing the surface with high specifity. In our group, we selected and characterized different inorganic binding peptides for functional materials. These peptides can be utilized as moleculer linkers for many bio- and nano-technological applications. However, their applicability needs to be tested with the existing tags providing the high affinities. Here we aim to test our designed vector systems through expressing 6xHis-Tagged-GFPuv protein coupled with a peptide linker. The same vector system is applied for quartz-binding peptide (QBP)-tagged GFPuv protein. 6xHis-tag, a common tagging used in the recovery of the peptides or proteins is compared to the engineered quartz binding peptide developed in a parallel study. The overall objective here is to generate a flexible vector system including restriction enzyme sites that is applicable for changing both 6xHis-tag and biofunctional protein parts to apply different inorganic binding peptides tagged with functional proteins.