Mefv Geninin İn Vivo Metilasyon Çalışmaları

Abstract

MEFV geni ilk olarak serozal iltihaplanma ve karın ağrısı ile ilerleyen Ailevi Akdeniz Ateşi (AAA) hastalığıyla ilişkili gen olarak karakterize edilmiştir. En sık gözlenen MEFV mutasyonları E148Q, M680I, M694V, M694I ve V726A olup hastalıkla ilgili kromozomların %70’ini oluştururlar. Bu mutasyonlar arasında yalnız E148Q mutasyonunun hastalığın daha hafif geçmesini sağlayıcı rolü olduğu bilinmektedir. E148Q mutasyonu MEFV geninin ikinci ekzonunda bulunmakta olup 442. pozisyondaki guanine nükleotidini sitozine çevirmektedir. Diğer MEFV mutasyonları MEFV gen ifadesini azaltırken sadece E148Q mutasyonunun MEFV gen ifadesini artırdığı bildirilmiştir. E148Q’ya bağlı gen ifadesi artışının FMF hastalığının daha hafif geçmesiyle ilişkili olduğu düşünülmüştür. MEFV geninin biyoinformatik analizi genin ikinci ekzonunu içine alan bir CpG adacığı vermektedir. Bununla birlikte bu CpG adacığının içinde yer alan E148Q mutasyonu bir CpG dinükleotidini bozmaktadır. Bu çalışma MEFV geninin ikinci ekzonunun metilasyon paterni ile E148Q mutasyonu arasındaki ilişkiye odaklanmıştır. DNA metilasyon paterninin aydınlatılması için kullanılan teknikler metilasyona özel polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ve bisülfat dizilemesi yöntemleridir. Bu çalışmada sonuç olarak MEFV geninin ikinci ekzonunun metilasyon paterni belirlenmiştir. Bu metilasyon paterni E148Q heterozigotları ile yabanıl genotipe sahip gruplar arasında ve FMF örnekleri ile sağlıklı kontroller arasında karşılaştırılmıştır. E148Q mutasyonunun denk geldiği CpG dinükleotidinde yabanıl genotipe kıyasla E148Q heterozigotlarında belirgin bir düşüş gözlenmiştir fakat FMF örnekleri ile sağlıklı kontroller arasında belirgin bir fark bulunamamıştır.

MEFV gene was first identified as the candidate gene for Familial Mediterranean Fever (FMF) which proceed with serosal inflammation and abdominal pain. Most common MEFV mutations are E148Q, M680I, M694V, M694I, and V726A which account for the 70% of the disease chromosomes. Among these mutations, only E148Q was reported to be associated with a milder phenotype of the disease. E148Q mutation relies within the second exon of MEFV gene and causes a nucleotide substitution of Guanine to Cytosine at nucleotide position 442. E148Q mutation was reported to increase MEFV expression whereas other MEFV-related mutations were shown to decrease MEFV expression. The milder phenotype in the presence of E148Q mutation is thougt to be due to its increasing effect on MEFV gene expression. The bioinformatic analysis of MEFV gene gives a CpG island spanning the second exon of MEFV gene. In addition, within this CpG island E148Q mutation causes elimination of one CpG dinucleotide. This study focused on the relationship between the methylation pattern of second exon of MEFV gene, E148Q mutation. The techniques used to identify this DNA methylation pattern are Methylation Specific PCR and Bisulfite Sequencing. Consequently, in this study, the methylation pattern of the second exon of MEFV gene was determined. This methylation pattern was compared between E148Q heterozygotes and wildtype controls as well as between FMF samples and healthy controls. A significant decrease of CpG methylation at the E148Q site was observed in heterozygotes compared to wildtype samples but no significant difference was found between FMF samples and healthy controls.