Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/11527/5413
Title: Ailesel Akdeniz Ateşi Hastalığında Mefv Gen Ekspresyonu Ve Metilasyon Analizleri
Other Titles: Analysis Of Mefv Gene Expression And Methylation Patterns In Familial Mediterranean Fever
Authors: Turanlı, Eda Tahir
Kireçtepe, Kıymet Aslı
Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji
Molecular Biology and Genetics
Keywords: Genetik
Genetics
Issue Date: 11-Feb-2010
Publisher: Fen Bilimleri Enstitüsü
Institute of Science and Technology
Abstract: MEFV, Ailevi Akdeniz Ateşi (AAA) hastalığı ile ilişkilendirilmiş ilk otoinflammatuar gendir. AAA çoğunlukla Türkler, aşkenaz olmayan yahudiler, Ermeniler ve Araplar gibi akdeniz kökenli toplumlarında görülmektedir. En sık görülen mutasyonlar, M694V, M680I, M694I, V726A ve E148Q hastalıkla ilişkili allellerin yaklaşık %70’ini oluşturmaktadır. Bu mutasyonların içinden MEFV geninin ikinci ekzonunda bulunan E148Q mutasyonunun hastalığın daha hafif bir şekilde geçirilmesiyle ilişkili olduğu görülmüştür. E148Q mutasyonu dışındaki mutasyonları taşıyanlarda MEFV gen ifade seviyesinin daha az olmasına karşın E148Q mutasyonu taşıyanlarda MEFV gen ifadesinin arttığı gösterilmiştir. MEFV geni için yapılan bioinformatik analizler sonucunda, genin ikinci ekzonunu ve birinci intronun bir kısmını içeren 998 bç uzunluğundaki bölgeye yayılmış olan bir CpG adacığı tespit edilmiştir. E148Q mutasyonu bu CpG adacığı içerisinde bir bölgede gerçekleşmektedir. DNA metilasyonu gen ifadesini etkileyen önemli epigenetik mekanizmalardan birisidir. Düşmüş olan MEFV gen ifadesi miktarının akut inflammasyonla ilişkili olduğu bilinmektedir. Bu nedenle biz MEFV geninin ikinci ekzonunda ki metilasyonun gen ifadesini düzenleyip düzenlemediğini ve hastalığın gelişiminde etkin olup olmadığını bilmek istiyoruz. Cerrahpaşa Tıp Fakültesi, Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları anabilim dalına başvuran 51 FMF hastası ve 11 sağlıklı kontrolde çalışma yapıldı. Probe kullanılarak yapılan tam zamanlı polimeraz zincir reaksiyonunu (qRT-PCR) temel alan bir metod olan “MethyLight” yöntemi ile genomik DNA kalıp olarak kullanılarak, ikinci ekzondaki metilasyon miktarı belirlenmiştir. Kandan elde edilen RNA’dan, MEFV gen ifade seviyesi tam zamanlı PZR yöntemi kullanılarak belirlenmiştir. Ayrıca ikinci ekzon varyantlarını içeren MEFV cDNA raportör gen konstarktı HeLa hücrelerine transfekte edildi ve in vitro olarak ekspresyon seviyesi belirlendi. Bu çalışmada 51 FMF hastasından 33 tanesinin (%59.4 mutant allel), 11 sağlıklı kontrolden 4 tanesinin (%22.4 mutant allel) mutant alleli taşıdığı gösterildi. Bu sonuçlar beklenildiği gibi iki grup arasında anlamlı bir fark olduğunu göstermektedir (p= 0.0016, Odds Ratio: 2.7689). Sonuçlar mutasyon taşıyan AAA hastalarında, sağlıklılara oranla yaklaşık iki kat azalmış MEFV ekspresyon miktarını göstermektedir (p=0.031). FMF hastaları ve sağlıklı kontrollerde metilasyon durumuna bakıldığında, iki grup arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmamasına karşın, FMF hastalarında metilasyonun sağlılıklara göre biraz daha yüksek olduğu gözlendi. Buna karşın in vitro çalışmalarda, ikinci ekzonu içermeyen MEFV cDNA ile transfekte edilmiş hücrelerde, ikinci ekzonu içeren hücrelere oranla, ekspresyonun anlamlı olarak arttığı gösterildi (p=0.0013). Bu sonuçlar MEFV geninin 2. ekzonundaki metilasyonun, gen ifade seviyesi üzerindeki önemini göstermektedir.
MEFV is the first identified autoinflammatory gene for Familial Mediterranean Fever (FMF). FMF mainly affects people of Mediterranean ancestry, generally Turks, non-Ashkenazi Jews, Armenians and Arabs. The most common MEFV mutations are M694V, M680I, M694I, V726A and E148Q, which are attributed to about 70% of disease-associated alleles. Among these mutations, E148Q, located at the second exon of MEFV, is associated with a milder phenotype of the disease. Although the expression level of gene is lower in other mutant allele carriers, it is shown that E148Q mutation increases the expression level of MEFV. Bioinformatic analysis of MEFV gene has shown the presence of CpG island spanning the second exon and a part of first intron of gene covering a 998 bp region. E148Q mutation occurs within this CpG island. DNA methylation is an important epigenetic regulation which affects gene expression patterns. Since the lower expression level of MEFV is known to be associated with acute inflammation, we wanted to know whether the methylation in the second exon of MEFV is correlated with the expression of the mRNA as well as its relevance to FMF disease. We studied 51 child FMF patients from Cerrahpaşa Medical Faculty department of Pediatrics and 11 healthy controls from the same department. The methylation levels of the second exon of MEFV gene were quantified by MethyLight technique, which is a probe-based real-time PCR method using the genomic DNA as a template. Expression levels were quantified using real-time PCR methods from blood RNA samples. MEFV cDNA reporter gene constructs containing exon 2 variants, were also transfected in HeLa cells, and expression levels in vitro were determined. In this study, 33 of 51 FMF patients had mutations (59.4% mutant allele) and four of 11 healthy controls had mutant alleles (22.7% mutant allele). These results show significant difference between the mutation frequency in FMF patients and healthy controls as expected (p= 0.0016, Odds Ratio: 2.7689). Our expression results indicate that, compared to healthy controls (p=0.031), mRNA levels were decreased two-fold in FMF patients . In accordance, methylation status of second exon of MEFV were slightly higher in FMF patients compared to healthy controls, but there were no significant differences between the two groups. On the other hand, in vitro studies indicated increased expression from the construct lacking exon 2, compared to the one with parts of the exon 2 (p=0.0013), which indicate the importance of methylation interference with mRNA expression.
Description: Tez (Yüksek Lisans) -- İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2010
Thesis (M.Sc.) -- İstanbul Technical University, Institute of Science and Technology, 2010
URI: http://hdl.handle.net/11527/5413
Appears in Collections:Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Lisansüstü Programı - Yüksek Lisans

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
10126.pdf1.56 MBAdobe PDFView/Open


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.