FBE- Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Lisansüstü Programı

Bu topluluk için Kalıcı Uri

http://hdl.handle.net/11527/180
Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı altında bir lisansüstü programı olup, yüksek lisans ve doktora düzeyinde eğitim vermektedir.

Gözat

Konu "AbrB regulator protein" ile FBE- Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Lisansüstü Programı'a göz atma
  • Öge
    Abrb Ve Spo0a Transkripsiyon Faktörlerinin B. Subtılıs Yvfı Promotorundaki Bağlanma Bölgelerinin Bulunması
    (Fen Bilimleri Enstitüsü, 2010-09-23) Tayran, Hüseyin ; Yazgan Karataş, Ayten ; Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji ; Molecular Biology and Genetics
    Gram-pozitif organizmalar için model organizma olarak kabul edilen B.subtilis, ağırlıklı olarak peptid olan 20’den fazla antibiyotik üretebilmektedir. Basilisin, N ucunda L-alanine ve C ucunda doğal olmayan bir aminoasit olan L-anticapsine bulunduran iki aminoasitten oluşan bir dipeptidtir. B. Subtilis’un bazı şuşları tarafından üretilen basilisin, bazı bakteri ve mayalara karşı kullanılmaktadır ve mikrobiyal hücre duvarı sentezini engellemektedir. Basilisinin doğal olmayan L-antikapsin amino asidinin, sırasıyla ywfBG genlerinin ürünleri olan prefenat dehidrataz ve aminotransferaz enzimleri aracılığıyla üretildiği düşünülmektedir. Basilisinin biyosentezi, daha sonra bacABCDE olarak adlandırılan ywfBCDEF gen kümesi tarafından gerçekleşmektedir. Söz konusu gen kümesinin, plazmid entegrasyonu ile bozulması sonucu basilisin üretimi durmuş, ayrıca hücre özütünde basilisin sentetaz aktivitesi kaybolmuştur. Daha sonra yapılan çalışmalarda, bacABC genlerinin antikapsin üretiminden sorumlu olduğu, bacD ve bacE genlerinin ise sırasıyla amino asid ligasyonu ve basilisine karşı korunma fonksiyonlarını gerçekleştirdiği kanıtlanmıştır. phrC, comA and oppA genlerinin Tn10 mutagenez yolu ile bozulması veya comQ::cat mutasyonunun oluşturulması, basilisin biyosentezinin durmasıyla sonuçlanmıştır. Bu çalışmalar basilisin biyosentezinin global quorum sensing kontrol sistemi tarafından regule edildiğini göstermektedir. Ayrıca, basilisin üretiminin AbrB ve GTP ile negatif olarak düzenlediği gösterilmiştir. B. subtilis, vegetatif formdan durgun faza geçerken, çevresel sinyallere tepki olarak iki bileşenli sinyal iletim sitemlerinin birçoğunu ve çeşitli global düzenleyicilerini aktif hale getirir. Bu düzenleyiciler, geçiş (dönüşüm)- düzenleyicileri olarak isimlendirilir. AbrB, Spo0A, ScoC ve Cody proteinleri bu düzenleyici protein sınıfının en önemli üyelerinden birkaçıdır. AbrB ve Spo0A geçiş-düzenleyici proteinlerinin Basillus türlerinde antibiyotik ve toksin biyosentezinde önemli görevleri olduğu kesin olarak bilinmektedir. Sözkonusu basilisine geldiğimizde, basilisinin de abrB ve spo0A genleri tarafından regule edildiği gösterilmiştir. abrB geninde oluşturulan mutasyonlar sonucu basilisin üretiminde meydana gelen artış, basilisin sentezinin abrB geninin negative kontrolü altında olduğunu göstermiştir. Aynı çalışmada, spo0A geni bloke edildiğinde basilisin üreteminde büyük bir düşüş olduğu gösterilmiştir. Bacillus subtilis PY79 şuşunda basilisin üretimiyle ilgili genleri açığa çıkarmak için son zamanlarda yapılan Tn10 mutagenesis çalışmaları, transkripsiyonel düzenleyiciye benzeyen yvfI geninin (GntR ailesi) basilisin biyosenteziyle ilgisi olduğunu kanıtlamıştır. Bununla birlikte, yvfI geninin basilisin üretiminden sorumlu olması nedeniyle, yvfI geninin düzenlenmesinde görev alan herhangi bir gen dolaylı olarak basilin üretiminden de sorumludur. Yukardaki çıkarımdan hareketle, DBTBS veritabanı (Sierro et al, 2008) kullanılarak B. subtilis yvfI geninin promoter dizisi, aday düzenleyici proteinlerin bağlanabileceği cis-elementlerinin bulunması için incelendi, ve AbrB ile Spo0A düzenleyici proteinleri için olası bağlanma bölgeleri bulundu. Elektromobility shift deneyi ile AbrB ve Spo0A proteinlerinin yvfI promoter DNA dizisine bağlandıkları bulunduktan sonra, söz konusu düzenleyici proteinlerin (trans-acting protenlerin) yvfI promoter dizisinde bağlandıkları bölgeleri açığa çıkarmak için DNase I footprinting deneyi gerçekleştirildi. Kapiler tabanlı araçtan elde edilen ve sonrasında GeneMapper programı kullanılarak düzenlenen electrophoregramlar incelendi ve her bir düzenleyici protein için yvfI promoter dizisi üzerinde bir bağlanma bölgesi bulundu. Elde edilen sonuçlar, AbrB ve Spo0A düzenleyici proteinlerinin, basilisin üretimini yvfI geninin ekspresyonunu transkripsiyon düzeyinde değiştirerek düzenlediklerini açığa çıkarmıştır.