Sanal tarama ve çok boyutlu moleküler modelleme yöntemleri ile p53-MDM2 potansiyel inhibitörlerinin belirlenmesi

Abstract

Sanal tarama çalışmaları, çok sayıda ligant içeren kütüphanelerin elenmesi için önemli fikirler sunmakta fakat protein-ligant komplekslerinin dinamik etkileşim süreçleri hakkında herhangi bir fikir vermemektedir. Bundan dolayı, filtrelenen 19 aday arasından seçilen 11 tanesine, pozitif kontrole, negatif kontrole ve protein apo formuna yapısal ve dinamik profillerini incelemek için 1'er µs MD simülasyonları uygulanmıştır. MD simülasyonlarında protein bağlanma bölgesiyle etkileşim halindeki ligantların dinamik davranışı hakkında önemli bilgiler sağlanmıştır. Daha sonra MD simülasyonları sonucu elde edilen yörüngelerden alınan 500'er poza MM/GBSA (Molecular Mechanics Generalized Born Surface Area) uygulanarak bağlanma serbest enerjileri tahmin edilmiştir. Ayrıca EnamineStore veri tabanından temin edilen 11 molekül için HUVEC vasküler endotel, kolon kanseri ve meme kanseri hücre hatlarına karşı in vitro aktivite testleri gerçekleştirilmiştir. Test sonuçlarına göre meme kanseri hücre hattında 6 ligantın (E1, E2, E5, E6, E9 ve E11) ve kolon kanseri hücre hattında 6 ligantın (E1, E2, E5, E6, E8 and E10) µM-seviyede inhibisyona sebep olduğu, ayrıca ligantların proliferasyonu inhibe ederek apoptoza yol açtığı gözlenmiştir. E11, 13 µM IC50 değeri ile en iyi inhibisyon gösteren ligant olmuştur. Önerilen adayların yapısal benzerlikleri de dikkate alınarak tüm sonuçlar birlikte değerlendirildiğinde, adayların ve/veya türevlerinin MDM2 inhibe edici etkisinin kaçınılmaz olabileceği öngörülmüştür. Çalışılan hücrelerin MDM2 protein ekspresyon seviyeleri farklılık gösterdiği için ileri çalışmalarda tüm adayların MDM2 proteini spesifik inhibisyonuna yönelik in vitro testlerinin gerçekleştirilmesinin p53 ve/veya doğrudan MDM2 aracılıklı kanser vakalarının tedavisi için umut vaat edebileceği öngörülmüştür.