Multi-scale modeling and investigation of activation mechanisms of g protein-coupled receptors

dc.contributor.advisor Yurtsever, Mine tr_TR
dc.contributor.author Salmas, Ramin Ekhteiari tr_TR
dc.contributor.authorID 363831 tr_TR
dc.contributor.department Kimya tr_TR
dc.contributor.department Chemistry en_US
dc.date 2015 tr_TR
dc.date.accessioned 2018-07-10T11:37:42Z
dc.date.available 2018-07-10T11:37:42Z
dc.date.issued 2015 tr_TR
dc.description Tez (Doktora) -- İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2015 tr_TR
dc.description Thesis (Ph.D.) -- İstanbul Technical University, Institute of Science and Technology, 2015 en_US
dc.description.abstract G-Protein kenetli reseptörler (GPCR) biyolojik membranlardaki sinyal iletiminde önemli bir rol oynayan membran proteinlerinin büyük bir bölümünü oluştururlar. Ticari olarak satılmakta olan ilaçların yaklaşık % 50'sinin hedef yapılarıdır. Son yıllarda moleküler biyoloji ve hesaplamalı kimya alanındaki gelişmeler yeni ilaçların daha iyi tasarımına yeni yollar açmaktadır. Moleküler biyoloji alanında GPCR'ların aktif ya da aktif olmayan haldeki kristal yapılarının bulunması, modelleme çalışmalarının daha güvenilir başlangıç yapılarıyla başlatılabilmesine olanak sağlamaktadır. Hesaplamalı kimya alanındaki yeni yöntemler ve bilgisayar teknolojisindeki hızlı ilerlemeler protein-protein ve protein-ilaç etkileşimlerinin kuantum mekanik ve istatistik mekanik olarak moleküler düzeyde çok boyutlu olarak incelenmesinde ve istenilen özellikteki ilaçların önerilmesinde önemli bir rol oynamaktadır. Bu tezde, yukarıda bahsedilen gelişmelerin ve yeni yöntemlerin ışığı altında GPCR'ların etkime mekanizmaları aydınlatılmaya çalışılarak, GPCR'ları hedef alan, yan etkileri en aza indirilmiş ya da yok edilmiş yeni ilaçların önerilmesi hedeflenmiştir. İlaç- protein etkileşimlerinin ve etkime mekanizmalarının hassas olarak ve pek çok yöntemin bir arada kullanıldığı bir yaklaşımla incelendiği bu çalışma farklı bölümlerden oluşmuşmaktadır. Özellikle GPCR ailesinden 3 farklı proteinle ( Dopamin D2, Kemokin tip 5 ve κ-opioid) bilgisayar ortamında yapılan çalışmalar 4 ayrı bölümde detaylı olarak incelenmiştir: tr_TR
dc.description.abstract G-Protein Coupled Receptors (GPCRs) constitute the largest class of membrane proteins involved in signal transduction across the biological membranes. They are essential targets for cell signaling and are of great commercial interest to the pharmaceutical industry. They make up ~50% of clinically marketed drugs and ~25% of top-selling drugs targeting this receptor family. Recent advances made in molecular biology and computational chemistry open new avenues in designing novel therapeutic compounds. Molecular biology has provided the crystal structures of several GPCRs in active and inactive states, which can be used as accurate templates in modeling studies. Computational chemistry offers a range of simulation, multi-scale modeling and virtual screening tools for definition and analysis of protein-ligand, protein-protein interactions. Development of new techniques on statistical methods and free energy simulations helps to predict novel optimal ligands. In this thesis, our aim is to use all these advances by developing an integrated approach for better understanding of activation mechanisms of GPCRs, which will help to rationalize the ligand screening process and facilitate design of new therapeutic compounds for these targets. Defining the activation mechanisms and atomistic determinants of ligand binding to GPCR targets would allow greater safety in human life. The thesis includes four chapters in which various binding interaction mechanisms based on solved and unsolved GPCR crystal structures are studied in detail. Specifically, activation mechanisms of Dopamine D2, Chemokine receptor type 5 and κ-opioid type GPCRs are elucidated using different in-silico approaches as explained below: en_US
dc.description.degree Doktora tr_TR
dc.description.degree Ph.D. en_US
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/11527/16293
dc.language eng tr_TR
dc.publisher Fen Bilimleri Enstitüsü tr_TR
dc.publisher Institute of Science and Technology en_US
dc.rights Kurumsal arşive yüklenen tüm eserler telif hakkı ile korunmaktadır. Bunlar, bu kaynak üzerinden herhangi bir amaçla görüntülenebilir, ancak yazılı izin alınmadan herhangi bir biçimde yeniden oluşturulması veya dağıtılması yasaklanmıştır. tr_TR
dc.rights All works uploaded to the institutional repository are protected by copyright. They may be viewed from this source for any purpose, but reproduction or distribution in any format is prohibited without written permission. en_US
dc.subject Biyokimya tr_TR
dc.subject Biochemistry en_US
dc.title Multi-scale modeling and investigation of activation mechanisms of g protein-coupled receptors tr_TR
dc.title.alternative G-protein kenetli reseptörlerin aktivasyon mekanizmalarının çok boyutlu modelleme yöntemleri ile incelenmesi en_US
dc.type Thesis en_US
dc.type Tez tr_TR
Dosyalar
Lisanslı seri
Şimdi gösteriliyor 1 - 1 / 1
thumbnail.default.placeholder
Ad:
license.txt
Boyut:
3.16 KB
Format:
Plain Text
Açıklama