İnorganik Malzemelere Bağlanan Polipeptitlerin Taranmasında Yeni Bir Yaklaşım: Faj Gösterim Teknolojisinde Ultrasonikasyon Uygulaması

dc.contributor.advisor Ürgen, Mustafa tr_TR
dc.contributor.author Donatan, Ayşe Senem tr_TR
dc.contributor.department Malzeme Mühendisliği YL. tr_TR
dc.contributor.department Materials Engineering MSc. en_US
dc.date 2004 tr_TR
dc.date.accessioned 2008-02-27 tr_TR
dc.date.accessioned 2015-09-17T12:47:50Z
dc.date.available 2015-09-17T12:47:50Z
dc.description Tez (Yüksek Lisans) -- İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2004 tr_TR
dc.description Thesis (M.Sc.) -- İstanbul Technical University, Institute of Science and Technology, 2004 en_US
dc.description.abstract Bu araştırmada faj gösterim yöntemi sırasında fajların yüzeyden temizlenmesi için uygulanan kimyasal elusyon yönteminin yarattığı kısıtları aşabilmek için yeni bir yaklaşım olarak ultrasonikasyon teknolojisi önerilmektedir. Öncelikle ultrasonikasyonun fajlar üzerindeki etkisi araştırılmıştır. Sonuçlar fajların ultrasonikasyona dayanıklı olduğunu, hatta deneylerin gerçekleştirildiği polipropilen tüp içinde bulunan fajların polipropilen yüzeyinden toplanabildiğini göstermektedir. Bu sonuçlar doğrultusunda, faj gösterim yöntemi kullanılarak daha önce tanımlanmış bir malzeme olan ‘mika’ üzerinde tarama çalışmaları yapılmıştır. İki set tarama deneyi gerçekleştirilmiştir. Tek kristal yapılı muskovit mikaya özgün olarak bağlanan aminoasit dizilerinin taranmasında Ph.D.-C7C faj havuzu kullanılmıştır. İlk set deneylerde mika yüzeyi önce üç kez kimyasal elusyonla sonra da bir kez ultrasonikasyon yöntemiyle temizlenmiştir. İkinci set deneylerde ise mika yüzeyi dört kez kimyasal elusyonla temizlenmiş ve her kimyasal elusyondan sonra yüzeye ultrasonikasyon uygulanmıştır. Her iki set deney sonucunda kimyasal elusyondan sonraki sonikasyon uygulamasıyla yüzeyden toplanan mikaya özgün polipeptitlerin sadece kimyasal elusyonla toplanan polipeptitlere oranla yüzeye daha iyi bağlandığı gözlenmiştir. Ayrıca ultrasonikasyon uygulaması kimyasal elusyona oranla daha kısa sürede sonuç vermesi açısından da umut vaadetmektedir. Bu çalışmanın literatürde bir ilk olması nedeniyle gelecekte bu konu kapsamında yapılacak araştırmalara yol gösterici olması beklenmektedir. tr_TR
dc.description.abstract In this research, the effect of ultrasound is suggested as a new approach to overcome the limitations of chemical elution which is based on the removal of phage from inorganic surface with chemical means during phage display methodology. Experiments are performed to investigate the probability of using ultrasonication as a supplementary method to chemical elution. In the preliminary experiments, the influence of ultrasound power on phage viability and stability is tested. Results of the initial studies showed that phages could be eluted without loosing its stability from microfuge tube made of polypropylene via ultrasound effect. In the next stage of the studies, results are verified in a known phage display system ‘mica’. Two screening experiments are performed where single crystal muscovite mica is screened by Ph.D.-C7C phage library. In the first screen mica surface is exposed to ultrasound after three chemical elution application in order to remove bound phage from mica surface. In the second screen four chemical elution rounds are performed. Ultrasound is applied onto mica surface after each round. Results of both screens demonstrate that stronger binders are removed from mica surface by the use of ultrasonication after chemical elution compared to binders which are obtained by chemical elution only. Besides, ultrasonication could be very promising in selecting higher affinity phages in shorter period compared to chemical elution. In this study, use of ultrasonication on phage removal is shown for the first time as a novel approach and found to be very promising for the future applications. en_US
dc.description.degree Yüksek Lisans tr_TR
dc.description.degree M.Sc. en_US
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/11527/9401
dc.publisher Fen Bilimleri Enstitüsü tr_TR
dc.publisher Institute of Science and Technology en_US
dc.rights İTÜ tezleri telif hakkı ile korunmaktadır. Bunlar, bu kaynak üzerinden herhangi bir amaçla görüntülenebilir, ancak yazılı izin alınmadan herhangi bir biçimde yeniden oluşturulması veya dağıtılması yasaklanmıştır. tr_TR
dc.rights İTÜ theses are protected by copyright. They may be viewed from this source for any purpose, but reproduction or distribution in any format is prohibited without written permission. en_US
dc.subject Faj gösterim tr_TR
dc.subject Ultrasonikasyon tr_TR
dc.subject Moleküler Biyobenzetim tr_TR
dc.subject Phage Display en_US
dc.subject Ultrasonication en_US
dc.subject Molecular Biomimetics en_US
dc.title İnorganik Malzemelere Bağlanan Polipeptitlerin Taranmasında Yeni Bir Yaklaşım: Faj Gösterim Teknolojisinde Ultrasonikasyon Uygulaması tr_TR
dc.title.alternative A Novel Approach To Selection Of Inorganic-binding Polypeptides Using Ultrasonication During Phage Display Methodology en_US
dc.type Thesis en_US
dc.type Tez tr_TR
Dosyalar
Orijinal seri
Şimdi gösteriliyor 1 - 1 / 1
thumbnail.default.placeholder
Ad:
7982.pdf
Boyut:
17.47 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Açıklama
Lisanslı seri
Şimdi gösteriliyor 1 - 1 / 1
thumbnail.default.placeholder
Ad:
license.txt
Boyut:
3.14 KB
Format:
Plain Text
Açıklama