Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/11527/7199
Title: Tlr4 Sinyal Yolağının Modellenmesi
Other Titles: Modeling Of Tlr4 Signal Transduction Pathway
Authors: Ekşi, Kazım Yavuz
Günel, Aylin
465768
Fizik Mühendisliği
Physics Engineering
Keywords: NFκB
TLR4
IFNβ
Modelleme
NFκB
TLR4
IFNβ
Modeling
Issue Date: 9-May-2013
Publisher: Fen Bilimleri Enstitüsü
Institute of Science and Technology
Abstract: Yaşam ile ilgilenen bilim alanlarının başlıca uğraşısı yaşamsal birimi oluşturan parçaların düzenini ve dinamiğini anlamaktır. Bu uğraş karmaşık etkileşimler içeren çok parçacık problemini çözmeye benzer, ki bu durumda parçacıkların yerini yüksek sayıda gen, protein ve diğer moleküller alır. Biyolojik yapıyı oluşturan temelleri anlamanın etkin yolarından biri de bilgisayar ortamında bu tarzda hesaplamalı modeller oluşturmaktır. Biz bu çalısmada vücudun doğal bağışıklık sisteminde önemli rol oynayan NFκB-IκB sinyal modülünü kotrol teorisi yöntemleri kullanarak, ve yine hayati açıdan çok onemli TLR4-MyD88, interferon beta sinyal yolağı isimli iki yolağını reaksiyon kinetiği differansiyel denklemleri kullanarak bilgisayar ortamında modelledik. Bağışıklık sistemini sinyal yolaklarının bu tür bilgisayar modelleri ile kombinasyonu, yolakları tek tek incelendiği zaman açıklamanın mümkün olmadığı pek çok olaya çözüm getirebilir. Bu durum göz önünde bulundurularak bu çalışmadaki modeller ile literatürdeki ilgili yolaklarının modelleri uyumlu olarak geliştirilmiştir.
A principal challenge for the life sciences is to understand the organization and dynamics of those components that make up a living system. Understanding the systems of cellular processes is very similar to solving many body problems including complex interactions, in this case among a large number of genes, proteins and other molecules. One way to achieve such an aim is passing thought the investigation of signaling pathways by computational modeling approaches. In this study we examine NFκB-IκB signalling module by control theory methods and the interactions between the TLR4 MyD88 independent pathway and interferon pathway by utilizing reaction kinetics ODEs. The model designed to reproduce the published IRF3, IFNβ, data in the literature and to estimate the profile for ISGF3 after triggered directly by IFNβ and in indirect manner by MyD88 independent pathway.
Description: Tez (Doktora) -- İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2012
Thesis (PhD) -- İstanbul Technical University, Institute of Science and Technology, 2012
URI: http://hdl.handle.net/11527/7199
Appears in Collections:Fizik Mühendisliği Lisansüstü Programı - Doktora

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
13465.pdf6.56 MBAdobe PDFView/Open


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.