Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/11527/5410
Title: İskemi-reperfüzyonun Atf3 Ve Gadd45g Gen Ekspresyonları Üzerindeki Etkilerinin Rt-pcr Ve Real-tıme Pcr Teknikleri Kullanılarak Sıçan Böbrek Dokularında İncelenmesi
Other Titles: Investigation Of Ischemia-reperfusion Effects On Atf3 And Gadd45g Gene Expression In Rat Kidney Tissues Using Rt-pcr And Real-time Pcr
Authors: Çakar, Zeynep Petek
Yılmaz, Bircan
Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji
Molecular Biology and Genetics
Keywords: İskemi
Reperfüzyon
Atf3
Gadd45g
qRT-PCR
qReal-Time PCR
Ischemia
Reperfusion
Atf3
Gadd45g
qRT-PCR
qReal-Time PCR
Issue Date: 8-Jul-2009
Publisher: Fen Bilimleri Enstitüsü
Institute of Science and Technology
Abstract: Bu çalışmada, kuantitatif (q) RT-PCR ve qReal-Time RT-PCR teknikleri kullanılarak Atf3 ve Gadd45g genlerinin yalnız iskemi-reperfüzyon, iskemi-reperfüzyonu takiben ısı önkoşullaması ve iskemi-reperfüzyonu takiben iskemi önkoşullaması durumlarındaki anlatım seviyeleri, sıçan böbrek dokularından elde edilmiş olan total RNA örnekleri üzerinde incelenmiştir. Bu genlerin, iskemi-reperfüzyon gibi stres yaratıcı durumlarda indüklendiği literatürde görülmektedir. Bu teknikler kullanılarak, genlerin, belirtilen koşullara uğratılmamış kontrol (Sham) örneklerindekine nispeten muamele edilen örneklerdeki relatif ekspresyonları belirlenmiştir. Bu amaçla, endojen kontrol olan Beta-Aktin genine ait bileşenler de aynı reaksiyon tüpüne koyularak reaksiyonlar multipleks olarak kurulmuştur. Relatif ekspresyonlar, RT-PCR’da agaroz jel resimlerindeki bantların hacimleri kullanılarak, Real-Time PCR’da 2-∆∆Ct yöntemi kullanılarak elde edilmiştir. Daha önce yapılmış olan bir microarray analiz çalışmasında, sıçan böbrek dokularında aynı koşullar altındaki gen ekspresyonu çalışıldığında Atf3 ve Gadd45g genlerinin anlatımının arttığı görülmüştür. Bu çalışmada elde edilen sonuçlar, daha önce elde edilmiş olan microarray sonuçları ile karşılaştırılmıştır ve microarray sonuçları ve literatür ile uyuşan, anlamlı ekspresyon değişimleri görülmüştür.
In this study, expression levels of the Atf3 and Gadd45g genes were investigated under the conditions of ischemia-reperfusion, ischemia-reperfusion with heat preconditioning and with ischemic preconditioning in total RNA samples from rat kidney tissues by using quantitative (q) RT-PCR and qReal-Time RT-PCR techniques. These genes have been shown to be induced by several stressful conditions such as ischemia-reperfusion in the literature. Using these techniques, relative expressions of the genes in the treated samples to non-conditioned control (Sham) samples were determined. For this purpose, reactions were set as multiplex by putting the components of the endogenous control gene Beta-Actin in the same reaction tube. Relative expressions were obtained by using the volumes of the bands in agarose gel images in RT-PCR, and 2-∆∆Ct method in Real-Time PCR. In a previous study with microarray analysis, it was observed that Atf3 and Gadd45g genes were upregulated when rat kidney tissues were studied for gene expression upon the same conditions. The obtained results in this study were compared with the previously obtained microarray results, and significant expression changes were observed compatibly with the microarray results and the literature.
Description: Tez (Yüksek Lisans) -- İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2009
Thesis (M.Sc.) -- İstanbul Technical University, Institute of Science and Technology, 2009
URI: http://hdl.handle.net/11527/5410
Appears in Collections:Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Lisansüstü Programı - Yüksek Lisans

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
9774.pdf1.02 MBAdobe PDFView/Open


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.