Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/11527/3664
Title: Genome-wıde Analysıs Of The Effect Of Bacılysın Bıosynthetıc Operon In Bacıllus Subtılıs
Other Titles: Bacillus Subtilis’de Basilisin Biyosentez Operonunun Etkilerinin Genom Ölçeğinde Analizi
Authors: Karataş, Ayten
Köroğlu, Türkan Ebru
10028536
Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji
Molecular Biology and Genetics
Keywords: Bacillus subtilis
Basilisin
Genom-ölçekli analizler
bacABCDEF
Bacillus subtilis
Bacilysin
Genome-Wide Analysis
bacABCDEF
Issue Date: 4-Apr-2014
Publisher: Fen Bilimleri Enstitüsü
Institute of Science and Technology
Abstract: Bu çalışmada, Bacillus’un belirli suşları tarafından üretilen dipeptid bir antibiyotik olan basilisinin üretimi ile ilgili düzenleyici mekanizmaların aydınlatılmasının yanısıra basilisinin üretici organizmada etkilediği hücresel olaylar genom bazında aydınlatılmaya çalışılmıştr. Bu doğrultuda öncelikle basilisin biyosentetik operonuna ait promotor bölgesi incelenmiş basilisin promotorunun A tarafından düzenlendiği ortaya çıkarılmıştır. Ayrıca AbrB, Spo0A, CodY ve ComA düzenleyicilerinin basilisin promotor bölgesine direk bağlandıkları EMSA yöntemi kullanılarak gösterilmiştir. Basilisin sentezinin düzenlenmesine ait bulguların yanısıra, basilisinin hücre içindeki etkilerini göstermek amacıyla, basilisin üreticisi B.subtilis PY79 suşu ve onun basilisin üretemeyen mutantı OGU1 ile, hızlı ve durağan üreme fazlarında, genom bazında karşılaştırmalı transkiptom analizi uygulanmıştır. Transkriptom analizi neticesinde basilisin tarafından yukarı ya da aşağı yönde etkilendiği belirlenen gen veya operonlara ait bulgular RT-qPZR yöntemiyle doğrulanmıştır. Elde edilen sonuçlar, basilisinin gerek hızlı gerekse durağan büyüme evrelerinde birçok hücresel metabolik prosesleri ve çevre koşullarına uyum sağlayacak bir çok adaptif faaliyetleri etkilediğini ortaya çıkarmıştır.
In this study, regulatory mechanisms related to the synthesis of bacilysin which is a dipeptide antibiotic produced by certain Bacillus strains and besides the genome-based effects of bacilysin itself on the cellular processes in its producer organism was identified. Following this aim, firstly promoter region of bacilysin biosynthetic region was examined and revealed that thşs promoter region was under control of A. Moreover, applied EMSA was elucidated that AbrB, Spo0A, CodY and ComA regulatory proteins directly bind to the promoter region of bacilysin. In addition to the data consedering the regulation of bacilysin biosynthesis, in order to enlighten the effects of bacilysin in its producer, a genome wide comparative transcriptome analysis of wild type control strain PY79, as a natural bacilysin producer, and its bacABCDEF disrupted OGU1 mutant, bacA::lacZ::erm during logarithmic and stationary growth phases were extensively studied. As aresult of transcriptome analysis, evaluated data belonging the genes and operons that are both up or down regulated by bacilysin were further confirmed with RT-qPCR method. Our findings indicate that, bacilysin affects many cellular metabolic processes and adaptive responses to the environmental changes at both logarithmic and stationary growth phases.
Description: Tez (Doktora) -- İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2013
Thesis (PhD) -- İstanbul Technical University, Institute of Science and Technology, 2013
URI: http://hdl.handle.net/11527/3664
Appears in Collections:Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Lisansüstü Programı - Doktora

Files in This Item:
There are no files associated with this item.


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.