Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/11527/1465
Title: Duvara Yakın Polimerik Bir Zincirin Hidrofobik Etkileşimler Altında Davranışı
Other Titles: The Behavıor Of A Polymer Chaın Under The Presence Of Hydrophobıc Interactıons
Authors: Erzan, Ayşe
Önder, Pınar
Fizik Mühendisliği
Physics Engineering
Keywords: Hidrofobik Etkileşimler
Polimerler
Ising Model
Monte Carlo Simülasyonu
Hydrophobic Interactions
Polymers
Ising Model
Monte Carlo Simulation
Publisher: Fen Bilimleri Enstitüsü
Institute of Science and Technology
Abstract: Polar olmayan moleküllerin su içerisindeki davranışları sanki aralarında çekici bir hidrofobik etkileşim varmışcasına gerçekleşir. Bu etkileşim, polar ve polar olmayan moleküllerin tümünün serbest enerjlerinin minimize edilmeye çalışıldığında , entropi teriminin katkısıyla ortaya çıkmaktadır. Bu etkileşimler protein katlanması gibi biyolojik süreçlerde de önemli bir role sahiptir. Polar olmayan moleküllerin hidrofobik bir duvarla sınırlandırılmış bir boyutlu yarım uzayda, bu duvarla etkileşimlerinin, Widom tarafından önerilmiş Potts ve Ising spinleri ile dekore edilmiş bir örgü modelinden yararlanarak transfer matisi yöntemiyle hesapladık. Ortalama alan yaklaştırımı ile polar olmayan moleküllerin kendi aralarındaki etkileşimleri için sıcaklığa bağlı bir etkin potansiyel elde ettik. Bu sayede, bir hidrofobik zincirin, iki boyutta hidrofobik bir duvar civarında, farklı sıcaklıklarda içinde bulunabileceği rejimleri, transfer matrisi yöntemiyle bulduk. Daha sonra Monte Carlo yöntemleri ile elde edilen zincir konfigürasyonları üzerinden kesin sayma yaparak zincirin katlanmışlık derecesi için sonuçlar elde ettik.
Non-polar molecules placed in water behave as if there were attractive interactions between them, at least within a certain temperature interval. This kind of attractive interaction is called hydrophobic interaction and is entropy driven. Hydrophobic interactions also play a role in biological processes such as protein folding. We have studied the decorated lattice model suggested by Widom and co-workers to mimic the so-called hydrophobic interactions and calculated the effective interaction between non-polar particles and a hydrophobic wall. We use the transfer matrix method and the hydrophobic boundary to calculate the interaction between non-polar molecules and a meanfield approximation to obtain the two-body interaction between the hydrophobic molecules. With the knowledge of these interaction potentials, we studied different regimes of the hydrophobic chain at different temperatures using transfer matrix and partial exact enumeration methods. And then we have found the degree of folding of a polymer using exact enumeration of the possible polymer configurations that were generated by Monte Carlo simulation.
Description: Tez (Yüksek Lisans) -- İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2002
Thesis (M.Sc.) -- İstanbul Technical University, Institute of Science and Technology, 2002
URI: http://hdl.handle.net/11527/1465
Appears in Collections:Fizik Mühendisliği Lisansüstü Programı - Yüksek Lisans

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
1614.pdf700.29 kBAdobe PDFView/Open


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.