Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/11527/1447
Title: Gen İfadesinin Şebeke Modeli
Other Titles: Network Of Gene Expressıon
Authors: Erzan, Ayşe
Balcan, Duygu
Fizik Mühendisliği
Physics Engineering
Keywords: Gene ifadesi
Şebeke
Dinamik renormalizasyon grubu
Gene Expression
Network
Dynamic Renormalization Group
Publisher: Fen Bilimleri Enstitüsü
Institute of Science and Technology
Abstract: Biyolojik sistemlerde protein üretimi, yani gen ifadesi, birebir olmamakta ve genlerin birbirleriyle olan etkileşimleri sonucu ortaya çıkmaktadır. Bu etkileşimler için, seçilim baskısı olmaksızın mutasyon geçiren basit bir modelde, Monte Carlo simülasyonlarıyla, gen etkileşimlerinin ölçekten bağımsız bir şebeke oluşturduğu ve bir gen tarafından baskılanan gen sayısı ( O z ) dağılımının ( ) O O z τ − ( O τ =0.47±0.01) gibi bir kuvvet yasasına tabi olduğu ve bu şebekenin bir küçük dünya modeline uygun olarak kümelenme katsayısının C ≈ 0.5 olduğu bulundu. Gen etkileşimi şebekesinin bir kinetik Ising modeli biçiminde betimlenmesi durumunda, sistemin tepkimelerinin zaman içinde ölçekten bağımsız bir sönümlenme zamanı dağılımına sahip olabileceği görüldü. Bu kendiliğinden kritik sistemin dinamik davranışını inceleyebilmek için, dinamik renormalizasyon grubu dönüşümleri rastgele Γ - komşuluklu spin sistemlerine genelleştirildi.
We have studied the regulatory network of gene expression during protein synthesis in biological systems. We have intoduced a simple random bit-string model to represent a chromosome sequence and have only considered the inhibition interactions between the genes. As the result of our Monte Carlo simulations, we have found that this simple model gives rise to a network of gene expression which is of the small-world type, with a clustering coefficient C ≈ 0.5, and is scale-invariant with the distribution of out-going connectivities obeying n(zout) ∼ (zout)-τ . The exponent τ is found to be τ=0.47±0.01. This result shows that the system is complex and can respond on any scale to the sitimuli coming from the environment. This also shows that the system has a selforganized critical behavior. In order to test ideas regarding the distribution of relaxation times on such a network, we have generalized the dynamical renormalization-group calculations to networks with an arbitrary number of nearest neighbors. This will enable us to compute the dynamical exponent on networks with random connections.
Description: Tez (Yüksek Lisans) -- İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2003
Thesis (M.Sc.) -- İstanbul Technical University, Institute of Science and Technology, 2003
URI: http://hdl.handle.net/11527/1447
Appears in Collections:Fizik Mühendisliği Lisansüstü Programı - Yüksek Lisans

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
2089.pdf1.58 MBAdobe PDFView/Open


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.